ارزیابی بیوانفورماتیک تاثیر mirnaها بر بیان ژن‌های دخیل در فرآیند سم‌زدایی در گورخر ماهی (danio rerio)

گورخرماهی (danio rerio) یک مدل ارزشمند برای مطالعه مکانیسم‌های مولکولی از جمله سم‌زدایی است. microrna ها (mirna)، مولکول های rna غیر کد کننده کوچکی هستند که پس از رونویسی بیان ژن را تنظیم می کنند و به طور بالقوه بر شبکه پیچیده ژن های درگیر در مسیرهای سم زدایی تاثیر می گذارند. در این مطالعه، از تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک (target scan و پایگاه داده diana) برای بررسی نقش بالقوه mirna ها در تعدیل و تنظیم بیان ژن‌های مرتبط با فرآیند سم‌زدایی در گورخرماهی استفاده شد. از طریق بررسی کامل مجموعه داده‌های mirna و mrna در گورخرماهی، mirnaهای کاندید پیش‌بینی شده برای هدف قرار دادن ژن‌های سم‌زدایی شناخته شده شناسایی شد. سپس با استفاده از الگوریتم‌های بیوانفورماتیک، تعاملات بالقوه بین این mirna ها و ژن‌های سم‌زدایی هدف آن‌ها (pgp, gpx1a, gpx3, aldh3b1, gstm3, cyp3c1, gstp1, gpx1b, cyp17a1, sod1, sod2, gsto2, gstz1, akr7a3, gsr, ahr1b, cat, ahr2, abcb4, cyp11a1) مورد ارزیابی قرار گرفت . علاوه بر این، میزان حفاظت از تعاملات mirna-هدف در بین گونه‌ها ارزیابی شد و مکان‌های بالقوه اتصال mirna در مناطق ترجمه نشده 3’ (utrs) mrnaهای هدف مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. یافته‌های ما روابط تنظیمی پیچیده بین mirna ها و ژن‌های دخیل در سم‌زدایی در گورخرماهی را نشان داد. این نتایج می‌تواند به عنوان پایه‌ای برای اعتبارسنجی‌های تجربی آینده باشد و به دانش رو به رشد، تنظیم ژن با واسطه mirna  در زمینه مسیرهای سم‌زدایی در گورخرماهی کمک کند. 

bioinformatic evaluation of the impact of mirnas on the expression of detoxification-related genes in zebrafish (danio rerio)

zebrafish (danio rerio) stands as a valuable model organism for delving into molecular mechanisms, notably detoxification. micrornas (mirnas), small non-coding rna molecules, serve as post-transcriptional regulators of gene expression, potentially shaping the complex network of genes engaged in detoxification pathways. this study employs bioinformatic analysis, utilizing target scan and diana databases, to explore the potential of mirnas in modulating the expression of detoxification-associated genes in zebrafish. by meticulously scrutinizing mirna and mrna datasets in zebrafish, we pinpoint candidate mirnas predicted to target established detoxification genes. leveraging bioinformatic algorithms, we dissect the plausible interactions between these mirnas and their target detoxification genes, which include pgp, gpx1a, gpx3, aldh3b1, gstm3, cyp3c1, gstp1, gpx1b, cyp17a1, sod1, sod2, gsto2, gstz1, akr7a3, gsr, ahr1b, cat, ahr2, and abcb4. moreover, we assess the conservation of mirna-target interactions across species and scrutinize potential mirna binding sites within the 3’ untranslated regions (utrs) of target mrnas. our findings unveil the intricate regulatory interplay between mirnas and genes involved in detoxification in zebrafish, providing a cornerstone for future experimental validations. this study significantly contributes to our evolving understanding of mirna-mediated gene regulation within the context of detoxification pathways in zebrafish