مقایسه روش‌های hrm و dgge جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری‌های اراضی مختلف

تغییر کاربری اراضی یکی از مهمترین فاکتورهایی است که جوامع ریزجانداران خاک را تحت تاثیر قرار داده که نقش محوری در اکثر فرایندهای بیوژئوشیمیایی و اکولوژیکی ایفا می‌کنند. به‌منظور بررسی تاثیر تغییر کاربری اراضی (از مراتع بوته‌زار به کشاورزی) روی ترکیب جوامع باکتریایی خاک، مطالعه‌ای با استفاده از آنالیز تفکیک‌پذیری بالای ذوب (hrm) و ‌روش ژل الکتروفورز با شیب واسرشت ساز (dgge) در سه کاربری اراضی باغی، زراعی و مرتع بوته‌زار در دشت جیرفت انجام شد. برای آنالیز hrm از نرم‎‌افزار جانبی دستگاه realtime pcr که مجهز به این تکنیک است، استفاده شد. dgge با استفاده از سیستم جهانی تشخیص جهش انجام شد. نتایج تکنیک hrm و همپنین نتایج رج‌بندی با استفاده از روش مقیاس‌بندی چند بعدی غیرمتریک (nmds) و بر پایه حضور یا عدم حضور باندهای dgge در نمونه‌های خاک نشان دادند که تغییر کاربری اراضی از مراتع بوته‌زار به کشاورزی (باغ و زراعی) سبب تغییر معنی‌دار در ترکیب جوامع باکتریایی خاک شده است. همچنین با توجه به نتایج هر دو روش، ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری های اراضی کشاورزی (باغ و زراعی) نسبت به کاربری مرتع بوته‌زار دارای شباهت بیشتری بود. از آنجایی که آنالیز hrm در مقایسه با تکنیک dgge کم هزینه تر، راحت تر و دارای انحراف کمتر می باشد، جهت مقایسه ترکیب جوامع باکتریایی خاک بین نمونه‌های مختلف پیشنهاد می شود.

Comparison of HRM and DGGE methods to study the composition of soil bacterial communities indifferent land uses

Land use change is one of the most important factors influencing soil microbial communities which play a pivotal role in most biogeochemical and ecological processes. In order to determine the effect of land use on the composition of soil bacterial communities, High Resolution Melt (HRM) analysis and Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) were used in three different land uses (orchard land, farmland and shrub land) in Jiroft plain, Iran. In the case of HRM analysis, a realtime PCR device equipped with this technique was used. DGGE technique via DCodeTM Universal Mutation Detection System was conducted to evaluate the composition of soil bacterial communities. The results of HRM as well as the ordination results based on the presence or absence of DGGE bands in soil samples using nonmetric multidimensional scaling (NMDS) method showed that the landuse change from shrub land to agriculture (orchard and farm) had a significant effect on the soil bacterial community composition. According to the results of both methods, the soil bacterial community composition in agricultural lands (orchard and farm) was more similar than shrub land. Since HRM analysis is less expensive, easier and has less bias compared to DGGE technique, it is recommended to compare the composition of soil bacterial communities in different samples.