بررسی دو روش فنل-کلروفرم و استفاده از نانوذرات مغناطیسی جهت استخراج dna ژنومی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس

زمینه و هدف: جدا کردن dna ژنومی از سلول‍های باکتریایی از جمله فرایندهایی است که به طور معمول در اکثر آزمایشگاه‌های بیولوژیک انجام می‌گیرد، لذا برای آن روش‌های گوناگونی ارائه شده است. در این مطالعه از دو روش فنل و کلروفرم، و استفاده از نانوذرات مغناطیسی در جهت استخراجdna  ژنومی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس استفاده شده است.مواد و روش ها: در مطالعه حاضر از باکتری استافیلوکوکوس اورئوس سویه استاندارد به شماره atcc 25923 استفاده گردید. جهت استخراج dna ژنومی از دو روش فنل-کلروفرم و استخراج به وسیله نانوذرات مغناطیسی استفاده شد. جهت بررسی کیفیت و غلظت dna استخراج شده با دو روش فوق از دستگاه نانودراپ و روش الکتروفورز روی ژل آگارز استفاده گردید. یافته‌ها: بررسی غلظت dna استخراج شده در هر دو روش، توسط نانودراپ انجام شد که غلظت dna استخراج شده در روش فنل-کلروفرم و استفاده از نانوذرات مغناطیسی fe3o4/sio2  به ترتیب 550.4 و 131.6 میکروگرم بر میلی لیتر به دست آمد.بحث و نتیجه گیری: از یافته‌های این تحقیق  می‌توان نتیجه گرفت که با توجه به دیواره‌ ضخیم باکتری استافیلوکوکوس اورئوس، استخراج dna ژنومی به وسیله نانوذرات مغناطیسی fe3o4/sio2 دارای غلظت و خلوصی قابل قبول برای انجام پروسه های مولکولی مانند pcr است و می‌تواند به عنوان جایگزین سایر روش های استخراج استفاده شود. 

survey of two methods including phenol-chloroform and application of magnetic nanoparticles for genomic dna extraction of staphylococcus aureus

background and aim: isolation of genomic dna from bacterial cells is one of the processes typically performed in most biological laboratories and there are different methods to do it .in this study, two methods including phenol-chloroform, and magnetic nanoparticles, were used to extract genomic dna of staphylococcus aureus.materials and methods: in the present study, the standard strain of staphylococcus aureus atcc 25923 was used for extraction of genomic dna by phenol-chloroform and magnetic nanoparticles methods. nanodrop and electrophoresis on agarose gel were used to evaluate the quality and concentration of extracted dna.results: the concentration of extracted dna by phenol-chloroform and magnetic nanoparticle) sio2/fe3o4) methods were obtained 550.4 and 131.6 µg/ml respectively. conclusion: from the findings of this study it can be concluded that due to the thick wall of staphylococcus aureus, genomic dna extraction by magnetic nanoparticles (fe3o4/sio2) have acceptable concentration and purity for molecular processes such as pcr, and can be used as an alternative to other extraction methods.