بررسی مقایسه‌ای اسید نوکلئیک استخراج‌شده از باکتری اشریشیا کلای با دو روش استخراج با فنل-کلروفرم و تکنیک استفاده از نانو ذرات مغناطیسی

مقدمه: از موضوعات مهم پژوهش‌ها در زمینه‌های مولکولی و مهندسی ژنتیک، استفاده از روش‌های بهینه در استخراج محتوای ژنومی میکروارگانیسم‌ها و سلول‌ها است که با استفاده از آن بتوان با صرف کمترین زمان و هزینه، به بیشترین مقدار و مناسب‌ترین خلوص دست‌یافت.روش‌های متعددی در راستای استخراج dna باکتری‌ها وجود دارد که از روش‌های نوین جداسازی اسید نوکلئیک می‌توان به استفاده از نانو ذرات مغناطیسی اشاره نمود. هدف از این مطالعه، مقایسه دو روش استخراج dna از باکتری اشریشیا کلای با دو تکنیک فنل کلروفرم و استفاده از نانو ذرات مغناطیسی است.روش بررسی: در این مطالعه از باکتری اشریشیا کلای سویه 25922atcc جهت مقایسه دو روش استخراج dna ژنومی استفاده گردید. جهت استخراج dna ژنومی از روش فنلکلروفرم و نیز تکنیک استفاده از نانو ذرات مغناطیسی با بکارگیری نانوذره دولایه sio2/fe3o4 استفاده گردید. هر دو محصول به‌دست‌آمده جهت سنجش جذب نوری با دستگاه نانودرآپ قرائت و سپس از طریق روش الکتروفورز روی ژل آگارز بررسی گردیدند.نتایج: در بررسی میزان جذب نوری با استفاده از دستگاه نانودرآپ میزان غلظت dna استخراج‌شده با روش فنل کلروفرم 761.4 میکروگرم بر میلی‌لیتر و با استفاده از تکنیک استخراج با نانو ذرات مغناطیسی 531 میکروگرم بر میلی‌لیتر به دست آمد. نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج به‌دست‌آمده و با مقایسه جذب‌های نوری دو محصول و نیز ارزیابی مقایسه‌ای با گروه‌های کنترل در استخراج به روش نانو ذرات مغناطیسی و نیز با مقایسه فاکتورهای مختلفی نظیر میزان زمان موردنیاز، هزینه‌ها، کاربری آسان می‌توان نتیجه گرفت که به دلیل زمانبر و خطرآفرین بودن روش فنل کلروفرم، روش استفاده از نانو ذرات مغناطیسی یک روش مناسب برای استخراج محتوی ژنومی است.

Comparative Study of Extracted Nucleic Acid from Escherichia coli by Two Methods Phenol-chloroform and Extraction Using Magnetic Nanoparticle

Background: The most important researches in molecular and genetic engineering fields are the finding of optimal methods for extraction of the genomic content of microorganisms and cells using them, can achieve the most amount and purity with the least time and cost. There are several methods for the extraction of bacterial DNA and the use of magnetic nanoparticles is one of the novel methods of nucleic acid isolation. The aim of this study is to compare DNA extracted from Escherichia coli using two techniques including phenolchloroform and magnetic nanoparticles.Methods: In this study, Escherichia coli strain ATCC25922 was used to compare the two extraction methods. For genomic DNA extraction the phenolchloroform methods as well as the technique of using bilayer SiO2/Fe3O4 magnetic nanoparticles were used. Both products were analyzed by nanodrop and following agarose gel electrophoresis.Results: The results of optical density (OD) evaluation with nanodrop spectrophotometer showed that the concentration of extracted DNA with conventional phenolchloroform method and magnetic nanoparticle extraction technique were 761.4 micro;g/ml and 531 micro;g/ml respectively.Conclusion: According to the obtained results by comparing the optical absorption of the two products and comparative evaluation with control groups in magnetic nanoparticle extraction method, also by comparing different factors such as the amount of time required, costs, ease of use, it can be concluded that due to the timeconsuming and dangerous nature of the phenolchloroform method, the using magnetic nanoparticles is an appropriated method for extracting the genomic content.