تحلیل فیلوژنتیکی پروتئین hc-pro جدایه‌های ایرانی ویروس موزاییک زرد لوبیا

مقدمه: ویروس موزاییک زرد لوبیا (bean yellow mosaic virus)به جنس potyvirus و خانوادۀ potyviridaeتعلقدارد و دارای پراکندگی جهانی گسترده و دامنۀ میزبانی وسیع است. در پژوهش حاضر، روابط فیلوژنتیکی 8 جدایۀ این ویروس که در سال‌های زراعی 96 و 97 از مناطق جغرافیایی مختلف ایران (آذربایجان شرقی، اردبیل، قزوین، زنجان، همدان، خوزستان، فارس و کرمان) از روی باقلا جدا شده بودند، در مقایسه با سایر جدایه‌های موجود در بانک ژن بررسی شدند. مواد و روش‏‏ها: برگ‌های گیاهان دارای نشانه‌های ویروسی از مزارع باقلای نواحی مختلف ایران نمونه‏برداری و به آزمایشگاه منتقل شدند. به‌منظور تشخیص نمونه‌های آلوده به ویروس موزاییک زرد لوبیا، ابتدا از آزمون داس الیزا و آنتی‌بادی اختصاصی ویروس استفاده شد؛ سپس rna کل نمونه‌های آلوده استخراج و ناحیۀ hcproجدایه‌های انتخابی تکثیر و توالی‌یابی شد. ارزیابی توالی، بررسی روابط فیلوژنتیکی، بررسی ساختار پروتئینی و همچنین شناسایی وقوع نوترکیبی در ناحیۀ hc جدایه‌های bymv انتخابی با نرم‌افزارهای مختلف انجام شد. نتایج: در درخت فیلوژنتیکی رسم‌شده، جدایه‌های ایرانی در دو گروه مونوفیلتیک مجزا قرار گرفتند؛ به‌طوری‌که پنج جدایۀ آذربایجان‌ شرقی، قزوین، زنجان، فارس و کرمان در کنار دو جدایه از استرالیا و ژاپن که همگی از روی باقلا جدا شده بودند، در یک گروه جای گرفتند و جدایه‌ها‌‌ی اردبیل، همدان و خوزستان به همراه دو جدایۀ دیگر ایرانی موجود در بانک ژن، دو جدایه از هند و دو جدایه از ژاپن در گروه دیگر قرار گرفتند. بر اساس نتایج آزمون نوترکیبی، هیچ‌کدام از جدایه‌های ایرانی جمع‌آوری‌شده در پژوهش حاضر، جدایۀ نوترکیب تشخیص داده نشدند. بحث و نتیجه‏گیری: درک تغییرات ژنتیکی و نوترکیبی جمعیت ویروسی پیش‌نیاز مهمی برای تشخیص کارآمد، مدیریت موثر و کنترل بیماری در درازمدت است. قطعاً نتایج در توسعۀ راهکار‌هایی کاربرد دارند که به مقاومت در برابر bymv منتج می‌شوند و چنانچه این بیماری در آینده همه‌گیر شود، می‌توانند در راستای اتخاذ راهبردهای مدیریتی اثربخش باشند.

A Phylogenetic Analysis of HC-Pro Protein in Iranian Isolates of Bean Yellow Mosaic Virus

Introduction: Among the photosynthetic microorganisms, cyanobacteria belonging to the genus Fischerella appear particularly promising for new polysaccharides producing strains. Extracellular polysaccharides (EPS) serve as a boundary to the immediate environment and play a protective role against antimicrobial agents. That iswhy cyanobacteria are so popular in the industry today as thickeners or floating agents, heavy metal absorbers, or in the case of sulfate polysaccharides as bioactive substances. This is an advantage over other polysaccharides extracted from plants or other macroalgae. There are many factors  affecting cell growth and metabolite accumulation in cell cultures. However, there is insufficient knowledge about the factors affecting maximal EPS biosynthesis and antibacterial activity. In this regard, in this paper, the effect of some physical, environmental, and nutritional factors on the simultaneous production of exopolysaccharide by Fischerella sp. SH.A was investigated in order to select the best cultivation conditions for the industrial application of exopolysaccharides. Materials and methods: In this study, the cyanobacterium isolated from the fresh water of Golestan province was undertaken with the aim of investigating the key factors regulating EPS biosynthesis and antibacterial activity. After the morphological and molecular identification, the possible correlations between the type of stress and the amount of polysaccharides production were also investigated. Results: The obtained results indicated that EPS production and antibacterial activity were highly dependent on the culture conditions and light intensity. Furthermore, the production of exopolysaccharides in nondiastrophic conditions was highly correlated with the concentration of nitrate up to 500 mM and the illumination of 50 or 150 microeinsteins per second per square meter. Discussion and conclusion: Since cyanobacterial extracellular polysaccharides are interesting from the biotechnological point of view, considering some other parameters are of crucial importance for the maximization of EPS production in this genus.