تحلیل تبارزائی ویروس‌ ای مو (grapevine virus a) از باغات انگور استان خراسان رضوی براساس بخشی از چارچوب ژنی orf5

ویروس ای مو (grapevine virus a; gva) از اعضای جنس vitivirus و یکی از مهم‌ترین عوامل ایجاد روگوز (چروکیدگی) چوب در مو است. در طول سال‌های 1398 تا 1400، مجموعاً 79 نمونه برگی دارای علائم زردی و قرمزی برگ و زوال در تاکستان‌های استان خراسان رضوی (بردسکن، کاشمر، خلیل‌آباد و محمدیه)، جمع‌آوری شد. آلودگی اولیه نمونه‌ها به gva با استفاده از آزمون الایزا مستقیم بررسی و تایید نهایی نتایج با آزمون rt-pcr و توسط آغازگرهای اختصاصی پروتئین p10 (orf5) انجام شد. استخراج rna از تراشه‌های پوست سبز ساقه و برگ‌های جوان مو، با استفاده از بافر ctab انجام شد. gva در 14 نمونه، توسط آزمون الایزا تشخیص داده شد و با استفاده از rt-pcr، در 14 نمونه قطعه‌ای به طول 238 جفت باز از پروتئین p10 تکثیر شد. محصولات تکثیر شده از چهار نمونه پس از خالص سازی از ژل، به حامل ptg19-t الحاق و پلاسمیدهای نوترکیب پس از انتخاب، در هر دو جهت توالی‌یابی شدند. ترادف های به دست آمده با ترادف های موجود در بانک ژن مقایسه و شباهت نوکلئوتیدی 95-7/85 درصد بود. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین p10 نشان داد که چهار گروه اصلی وجود دارند و جدایه‌های خراسان رضوی در گروه چهارم قرار می‌گیرند. مقایسه توالی پروتئین p10 جدایه‌های ایرانی با سایر جدایه‌ها نشان داد که منطقه پایداری در ناحیه n-ترمینال وجود دارد که شامل موتیف غنی از آرژنین و سپس موتیف انگشت‌روی است. در استان خراسان رضوی مطالعات زیادی روی سایر ویروس‌های مو صورت گرفته است، اما این اولین مطالعه در خصوص تبارزایی جدایه‌های gva در تاکستان‌های استان خراسان رضوی می‌باشد.

phylogenetic analysis of grapevine virus a virus from the vineyards of khorasan razavi province based on partial orf5 gene

grapevine virus a (gva) belongs to vitivirus genus and is one of the most important causes of wood rugose in grapes. during the years 2019 to 2021, a total of 79 leaf samples showing symptoms of leaf yellowing and reddening from vineyards of khorasan razavi province (including bardaskan, kashmar, khalilabad, and mohammadiyeh) were collected. the initial infection of the samples to gva was directly checked using an elisa test, and the final confirmation of results was performed by rt-pcr with specific primers. total rna extraction was performed from scraped bark of young stems using ctab method. gva was detected in 14 samples through the elisa test, and a fragment of 238 base pairs from the p10 protein was amplified in these 14 samples using rt-pcr. the amplified products from four samples were ligated into the ptg19-t vector, and the recombinant plasmids were sequenced bidirectionally. the obtained sequences were compared with the other gva sequences in genbank using blastn tool and the nucleotide similarity was 85.7-95%. the phylogenetic tree based on p10 protein showed there are four main groups, and khorasan razavi isolates classified within the fourth group. comparison of p10-protein sequence of iranian isolates with other isolates showed there is a conserved region in n-terminal region, which includes an arginine-rich motif followed by a zinc-finger motif. there have been many studies on other viruses of grape in this province, but this is the first study on ithe phylogenyof gva isolates in the vineyards of khorasan razavi province.