شناسایی اختصاصی نماتد ریشه ‎گرهی meloidogyne incognita رایج در باغات کیوی‌فروت استان‌های گیلان و مازندران با استفاده از توالی ژن sec-1

در سال های اخیر، شیوع بیش از پیش نماتدهای ریشه‎ گرهی باعث ایجاد خسارت جدی در مناطق کشت کیوی‌ فروت در شمال ایران شده است. با توجه به رواج چند گونه از این جنس در کشور، شناسایی دقیق گونه های این نماتد در صنعت تولید محصول حائز اهمیت است. در این تحقیق، تلاش شد شناسایی مولکولی نماتد ریشه‎ گرهی به کمک واکنش زنجیره‌ای پلی مراز، با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن کدکننده یکی از پروتئین های غدد مری (pharyngeal gland secretory protein, sec-1) در جهت تایید شناسایی های مبتنی بر ویژگی‌های ریخت شناختی صورت گیرد. بدین منظور، پس از انجام نمونه برداری و جداسازی نماتدها از باغ‌های کیوی‌ فروت آلوده در استان‌های گیلان و مازندران، اقدام به شناسایی اولیه با استفاده از خصوصیات ریخت شناختی گردید. جفت آغازگرهای inc-k14 برای تکثیر ناحیه scar و جفت آغازگرهای sec-1 برای تکثیر ژن sec-1 به منظور تشخیص اختصاصی گونه meloidogyne incognita از سایر گونه‌ها مورد استفاده قرار گرفتند. در همه نمونه‌های مورد بررسی، قطعه‌ای 399 جفت بازی توسط جفت آغازگرهای inc-k14 و قطعه‌ای 502 جفت بازی توسط جفت آغازگرهای sec-1 تکثیر گردید که قطعات مورد انتظار برای شناسایی گونه m. incognita می‌باشند. انجام آزمون pcr با استفاده از آغازگرهای rjav/fjav، rar/far و rh/fh که به ترتیب آغازگرهای اختصاصی گونه های m. javanica، m. arenaria و m. hapla هستند، در این مطالعه منجر به تکثیر باند نشد. با توجه به نتایج به دست آمده، آغازگر sec-1 جهت شناسایی سریع و دقیق m. incognita در باغ‌های آلوده کیوی‌ فروت (در این مطالعه) مناسب بوده و مشکلات تکثیر غیراختصاصی با آغازگرهای inc-k14 که ناحیه scar را تکثیر می کنند، نخواهد داشت.

specific identification of root-knot nematode meloidogyne incognita common in kiwifruit orchards of guilan and mazandaran provinces using sec-1 gene sequence

in recent years, the increasing prevalence of root knot nematodes has caused serious damage to kiwifruit cultivation in northern iran. due to the prevalence of several species of this genus in the country, accurate identification of species of this nematode in the kiwifruit industry is important. in this study, we attempted to identify the root knot nematode species by polymerase chain reaction, using specific primers of the gene encoding one of the pharyngeal glands secretory proteins (sec-1) to confirm the morphological identifications. after sampling and isolation of the nematodes from kiwifruit orchards in guilan and mazandaran provinces, initial identification was performed using morphological characteristics. the inc-k14 primer pair was used to amplify the scar region and the sec-1 primer pair was used to amplify the sec-1 gene for specific identification of meloidogyne incognita from the other species. in all samples, a 399 bp was amplified by inc-k14 primers and a 502 bp fragment was amplified by sec-1 primers, which are expected as specific bands for m. incognita. the pcr test using rjav/fjav, rar/far, and rh/fh primers, which are specific primers of m. javanica, m. arenaria and m. hapla, respectively, did not lead to band amplification in this study. according to the results, sec-1 primer is suitable for rapid and accurate identification of m. incognita in infested kiwifruit orchards (in present study) and will not have non-specific band amplification problems using inc-k14 primers that amplify the scar region.