تحلیل تبارزائی جدایه ایرانی ویروس نوار زرد تره‌فرنگی از میزبان سیر براساس نواحی ژنومی ci و cp

ویروس نوار زرد تره ‌فرنگی (leek yellow stripe virus lysv) متعلق به جنس potyvirus و خانواده potyviridae، به عنوان یکی از بیمارگرهای غالب و مهم با بیماری‌زایی بالا در میزبان سیر معرفی شده است. در این مطالعه به منظور شناسایی lysv، نمونه‌برداری از استان خوزستان، شهرستان شوشتر انجام شد. بدین منظور تعداد 28 نمونه‌ برگی سیر با علائم کلروز نواری، موزائیک و بدشکلی جمع‌آوری شد. بررسی اولیه آلودگی با استفاده از آغازگر‌های عمومی پوتی‌ویروسی مربوط به هریک از نواحی ژنی ci (cylindrical inclusion) و nib) nuclear inclusion body) با استفاده از آزمون rtpcr صورت گرفت. الکتروفورز محصول pcr بر روی ژل آگارز 1% به ترتیب وجود قطعاتی به طول 700 و 350 جفت بازی را در 15 نمونه از میان 28 نمونه جمع‌آوری ‌شده نشان داد. اما نتایج حاصل از تعیین توالی نوکلئوتیدی، صرفا آلودگی سه نمونه از میان 15 نمونه به lysv را تایید نمود. جهت تکمیل بررسی‌ها، جدایه‌ای با نام lysvae65 انتخاب و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی مربوط به توالی کامل ژن‌های ci و cp coat protein مورد بررسی قرار گرفت. محصول pcr مربوط به هر قطعه ژنومی پس از همسانه‌سازی در حامل پلاسمیدی ptg19t، توالی‌یابی شد. نتایج حاصل از بررسی تبارزائی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی هریک از ژن‌های ci و cp، ارتباط روشنی بین گروه‌بندی تبارزائی با منشاء جغرافیایی و میزبانی را نشان نداد. در بررسی وقوع نوترکیبی در این جدایه با استفاده از برنامه rdp4 هیچ نوترکیبی در این نواحی مشاهده نشد. این مطالعه اولین بررسی مولکولی lysv در ایران می‌باشد.

phylogenetic analysis of the iranian leek yellow stripe virus isolate from garlic host based on cp and ci regions

leek yellow stripe virus (lysv) (potyvirus, potyviridae), is one of the most important and prevalent viral pathogens of garlic (allium sativum) causing significant yield losses worldwide. in this study, in order to identify lysv, sampling was performed from shushtar in khuzestan province. for this purpose, 28 garlic leaf samples with chlorosis, mosaic and deformity were collected. preliminary evaluation of the infection was performed using potyvirusdegenerate primers related to each of the ci (cylindrical inclusion) and nib (nuclear inclusion body) genomic regions using rtpcr test. electrophoresis of pcr product on 1% agarose gel showed the presence of 700 and 350 bp fragments in 15 samples out of 28 collected samples, respectively. however, the results of nucleotide sequencing only confirmed the contamination of 3 samples out of 15 samples with lysv. to complete the study, an isolate called lysvae65 was selected and tested using two specific primer pairs for the complete sequence of ci and cp (coat protein) genes. the pcr product of each genome fragment was sequenced following cloning in the plasmid vector ptg19t. in the phylogenetic analysis based on the nucleotide sequence of each of the ci and cp genes separately, no clear correlation was found between lysv isolates similarities, their geographical origins and host range. moreover, recombination analysis by rdp4 revealed that no potential recombination event/s happened between lysvae65 from iran with their respective isolates from ncbi in ci and cp genes. this study is the first molecular study of lysv in iran.