ردیابی آلودگی ویروس وای سیب زمینی (potato virus y) در حجم وسیع توده‌های بذری سیب زمینی با استفاده تلفیقی از روش‌های مولکولی و کشت تک جوانه

سالانه بیش از 300 محموله بذری سیب زمینی در سیستم رسمی کنترل و گواهی بذر کشور با هدف کاهش عوامل بیماریزای سیستمیک و تجمعی، از نظر آلودگی به ویروس های مهم سیب زمینی مورد آزمون قرار می گیرند. در این فرآیند درستی، حساسیت، اختصاصیت و سرعت روش تشخیصی برای صدور گواهی به موقع و صحیح از اهمیت بسیاری برخوردار است. در پژوهش حاضر کارایی استفاده تلفیقی از روش کشت تک جوانه و روش های مولکولی مبتنی بر rt-pcr برای ردیابی آلودگی ویروس وای سیب زمینی (pvy) در آزمون تعداد زیاد نمونه های بذری مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد حساسیت، دقت و حتی سرعت ارزیابی توده های بذری با روش های مبتنی بر rt-pcr در مقایسه با روش سرولوژیکی elisa افزایش می یابد. بهره گیری از روش rt-pcr در ردیابی ویروس pvy ، دارای دقت تشخیصی یک نمونه آلوده در نمونه ترکیبی حاصل از 50 بوته بوده در حالی که توانایی روش  elisa به میزان یک دهم این قابلیت بود و این روش قادر به ردیابی یک نمونه آلوده در نمونه ترکیبی حاصل از پنج نمونه انفرادی بود. همچنین به دلیل دقت بسیار بیشتر آزمون های مبتنی بر rt-pcr صدور گواهی نادرست برای طبقه بذری مشاهده نشد، حال آن که بر اساس نتایج elisa حدود شش درصد از توده های بذری مورد آزمون به جای طبقه گواهی شده به دلیل عدم توان ردیابی غلظت کم ویروس به اشتباه در طبقه مادری گواهی شدند. بر اساس استانداردهای ملی حداکثر آلودگی مجاز به pvy در پایین ترین طبقه بذری چهار درصد است که همین موضوع قابلیت اجرایی شدن این سیستم را با هزینه های قابل قبول (حداکثر با ارزیابی پنج زیر نمونه) فراهم می آورد.

Detecting Potato virus Y in massive potato seed lots by using single sprout culture and RT-PCR as an integrated diagnostic method

AbstractIn order to minimize the systemic infection in potato seed tubers, annually more than 300 potato seed lots are subjected to laboratory testing for potato viruses in the national potato seed certification system. The accuracy, sensitivity, specificity and speed are of the most important criteria for a diagnostic method to be employed in seed certification laboratory testing procedure. In this study the efficiency of using two methods including single sprout culture and RT-PCR as an integrated diagnostic method was investigated for detecting Potato Virus Y in potato seed samples. According to the present study, RT-PCR performance in Potato Virus Y detection was better than ELISA in terms of sensitivity, accuracy and time saving. RT-PCR successfully detected one infected sample in a combined sample consists of 50 individual samples while ELISA enabled to detect one infected sample in a much smaller combined sample consists of only five subsamples. Moreover because of ELISA retractions to detect low virus concentration and its false negative result, about six percent potato seed lots were incorrectly labeled basic seeds instead of certified seeds. Considering the maximum permissive virus infection percent in national potato seed standards (4% for the lowest seed class) and the maximum required subsamples to be tested (5 subsamples), using RT-PCR method in potato seed certification is economically recommended.