بررسی پتانسیل آنتاگونیستی باکتری‌های اپی‌فیت همراه با درختان میوه دانه‌دار در استان آذربایجان غربی بر علیه erwinia amylovora و ارزیابی تنوع ژنتیکی آنها

در شاخ و برگ های درختان میوه دانه دار، باکتری های اپی فیت زیادی وجود دارند که خاصیت آنتاگونیستی آنها علیه عامل بیماری آتشک (erwinia amylovora) اثبات شده است. به منظور شناسایی، بررسی پتانسیل آنتاگونیستی و تنوع ژنتیکی باکتری های اپی فیت آنتاگونیستی همراه با درختان میوه دانه دار در استان آذربایجان غربی، از باغات سیب، گلابی و به در سه نوبت بهار، تابستان و پاییز سال 1393 نمونه برداری به عمل آمد. پس از جداسازی باکتری های اپی فیت و انجام آزمون آنتاگونیستی، شناسایی جدایه ها صورت گرفت. جدایه ها در دو گروه باکتری های گرم منفی (pantoea agglomerans، pseudomonas fluorescens) و گرم مثبت دسته بندی شدند. تنوع ژنوتیپی جدایه های pantoea  و pseudomonas از مناطق مختلف با استفاده از روش reppcr مورد بررسی قرار گرفت. جدایه ها با استفاده از برنامه   نرم افزاری ntysys به روش upgma و ضریب تشابه جاکارد مورد بررسی قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل اطلاعات بدست آمده بر اساس نشانگر box1 نشان دهنده وجود 10 گروه با حداقل شباهت 75 درصد در میان جدایه های pseudomonas و وجود 9 گروه در میان جدایه های pantoea  با حداقل شباهت 70 درصد بود. نتایج تنوع ژنتیکی بالایی را در میان سویه های آنتاگونیست اپی فیت درختان میوه دانه دار در استان آذربایجان غربی نشان داد.

Antagonistic potential of epiphytic bacteria associated with pome fruit trees in West Azarbaijan province against Erwinia amylovora and evaluation of their genetic diversity

AbstractThere are many epiphytic bacteria live on surface of pome fruit tree foliage, and have been proven to show antagonistic activity against Erwinia amylovora, the causal agent of fire blight disease. In order to characterize and assess antagonistic potential and genetic diversity of epiphytic bacteria associated with pome fruit trees in orchards of West Azarbaijan province samplings were carried out from foliage of apple, pear, and quince trees during spring, summer and autumn in 2014. Epiphytic bacteria were isolated and their antagonistic potential against E. amylovora were evaluated and then bacterial isolates were identified. The isolated bacteria were categorized into three group including Pantoea agglomerans, Pseudomonas fluorescens and other unknown Grampositive bacteria. Genetic diversity among the Pseudomonas and Pantoea isolates were studied using RepPCR technique. Resulted data were analyzed in NTSYSpc v2.02e software and compared using UPGMA and Jaccard similarity coefficient methods. Also, the analyses of the BoxA1R primer’s band patterns separated ten groups with at least 75% similarity among the pseudomonad isolates. Similarly, nine groups with 70% similarity within the Pantoea isolates were discovered. These results showed a high genetic diversity among the epiphytic strains of Pseudomonas and Pantoea in west Azarbaijan pome fruit orchards.