چندشکلی و بیان دو پروتئین lysmrlk در سیب زمینی قبل و بعد از بروز بیماری بلایت زودرس

گیرنده های (lysm-rlks) lysin motif receptorlike kinases، به دلیل وجود موتیف لیزین ((lysm، به کیتین آزاد شده از دیواره ی قارچ ها متصل و سبب فعال شدن آبشاری از پروتئین ها و در نهایت سبب افزایش مقاومت به پاتوژن ها می شوند. برای بررسی بیان lysmrlks احتمالی ژنوم سیب زمینی در یک رقم حساس (russet burbank) و یک ژنوتیپ نسبتاً مقاوم (f06037) به alternaria solani، میزان بیان و توالی lysm آنها به روش های بیوانفورماتیکی و مولکولی مطالعه شد. در مجموع 35 پروتئین lysmrlks در ژنوم سیب زمینی شناسایی شد که از این تعداد، 26 پروتئین بدون lysm و تعداد پنج وچهار پروتئین به ترتیب دارای یک یا دو lysm بودند. از نه گیرنده lysmrlks ، تعداد دو گیرنده lysmrlks در اثر آلودگی به a. solani افزایش بیان نشان دادند. پروتئین pgsc0003dmp400061331 با دو lysm بیان بیشتری در مقایسه با پروتئین pgsc0003dmp400060418 با یک lysm داشت. این پروتئین ها به ترتیب با پروتئین cerk1 آرابیدوپسیس (ab367524) 98 و 81 درصد شباهت داشتند. همردیفی ناحیه ی lysm این دو پروتئین با یکدیگر و با ناحیه ی همولوگ در پروتئین cerk1 آرابیدوپسیس نشان داد که دو lysm پروتئین pgsc0003dmp400061331 در دو رقم تفاوتی نداشتند، اما در lysm اول پروتئین pgsc0003dmp400061331 یک ناحیه به توالی nrd وجود دارد که در lysm دوم همین پروتئین و پروتئین cerk1 آرابیدوپسیس دیده نمی شود و به نظر می رسد که حاصل حذف یا اضافه شدگی باشد. با انجام روش های ویرایش ژنوم می توان نقش این ژن ها را در موضوع مقاومت یا حساسیت به قارچ a. solaniمشخص نمود و از نتایج حاصل برای تولید گیاهان تراریخت مقاوم استفاده کرد.

Polymorphism and Expression Analysis of two Potato Receptor Genes (LysMRLKs), Following Alternaria solani Infection

AbstractThe Lysin motif in receptorlike kinases (LysMRLKs) bind to chitin or chitin components of the fungal pathogen cell wall to perceive their invasion. To study the LysMRLK domains of potato genome involved in Alternaria solani response, the putative LysMRLKs were bioinformatically assessed, sequenced and their expression levels were measured in a susceptible (Russet Burbank) and relatively resistant (F06037) genotypes, following inoculation of the pathogen. A total of 35 putative LysMRLKs were detected in potato genome, of which 26, 5 and 4 LysMRLK had none, one and two LysM motifs, respectively. Among 9 receptors containing LysMRLK domains, two proteins showed a significant overexpression following A. solani infection.PGSC0003DMP400061331 protein with two LysM motifs had a higher expression level than PGSC0003DMP400060418 protein with one LysM motif. Both proteins had 98% and 81% coverage with Arabidopsis thaliana CERK1 protein, respectively. Multiple sequence alignment (MSA) of LysM motifs from both proteins of two potato genotypes with that of Arabidopsis thaliana CERK1 revealed no difference between genotypes with respect to LysM motif sequence. Interestingly, the LysM motifs from PGSC0003DMP400061331 protein had an “NRD” insertion as compared to its second LysM motif, PGSC0003DMP400060418, and Arabidopsis taliana CERK1 LysM motifs. Such changes may have occurred through deletions or duplications. Alteration of DNA sequences by genome editing methods may shed light on the role of these genes in the field of resistance or susceptibility to A. solani leading to generation of resistant transgenic plants to devastating fungal diseases.