|
|
|
|
ردیابی و بررسی تبارزایی ویروس موزاییک شلغم (turnip mosaic virus) در گیاه زعفران (crocus sativus l.) در ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
حیدری مریم ,حسینی عاطفه ,دری راضیه
|
|
منبع
|
پژوهش هاي كاربردي در گياه پزشكي - 1397 - دوره : 7 - شماره : 1 - صفحه:17 -28
|
|
چکیده
|
ویروس موزائیک شلغم (turnip mosaic virus; tumv) یکی از اعضای جنس پوتی‌ویروس می باشد که وسیع ترین دامنه ی میزبانی را در بین پوتی‌ویروس ها دارد. به منظور ردیابی و شناسایی این ویروس، در ماه های آبان و آذر سال 1395 از مزارع زعفران دارای علائم استان خراسان جنوبی و شهرستان های قاین، خوسف و بیرجند تعداد 175 نمونه برداشت گردید. ردیابی اولیه ی ویروس با آزمون الایزا صورت گرفت که طی آن آلودگی نمونه‌ها 10/85 درصد برآورد شد. سپس rna کل استخراج و در آزمون rtpcr با آغازگر اختصاصی ژن پروتئین‌پوششیtumv ، قطعه ای به طول تقریبی 980 جفت باز تکثیر و تعداد 9 جدایه تعیین توالی شد. بررسی تبارزایی 9 جدایه ی ایرانی با جدایه‌های موجود در بانک ژن بر مبنای توالی کامل ژن پروتئین پوششی، نشان داد که شش جدایه در گروه asian br همراه با جدایه‌هایی از چین، ترکیه و ایران قرار می گیرند. در صورتیکه سه جدایه ی دیگر این تحقیق درکنار سایر جدایه های ایرانی این ویروس، در گروه world b نزدیک به جدایه هایی از کانادا و نیوزلند قرار می گیرند. بیشترین شباهت بین جدایه skk10 از ایران با جدایه ی ایرانی irntt3 به میزان 98/96 درصد و کمترین بین جدایه ی ایرانی skk10 با ab 093598 از ایتالیا به میزان84/5 درصد می باشد. از آنجا که جدایه های ایرانی این ویروس روی گیاه زعفران در دو گروه کاملا مجزا قرار دارند، بنابراین از اجداد متفاوتی منشا گرفته‌اند. تحقیق حاضر اولین بررسی ویروس مذکور روی گیاه زعفران در ایران است.
|
|
کلیدواژه
|
ایران، ویروس موزائیک شلغم، پوتی ویروس، زعفران
|
|
آدرس
|
دانشگاه بیرجند, دانشکده کشاورزی, گروه گیاهپزشکی, ایران, دانشگاه بیرجند, دانشکده کشاورزی, گروه گیاهپزشکی, ایران, مرکز تحقیقات زیست محیطی خراسان جنوبی, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Detection and Phylogenetic Analysis of Turnip mosaic virus on Saffron (Crocus sativus) in Iran
|
|
|
|
|
Authors
|
hedari maryam ,hoseini atefeh ,duri raziyeh
|
|
Abstract
|
Abstract Turnip mosaic virus is a member of the genus Potyvirus in the family Potyviridae and has the broadest host range in the family. In order to detect and characterize local isolates of TuMV, 175 saffron samples were collected from Birjand, Khosf and Ghaen in South Khorasan between October and November 2016. Infections with TuMV were detected by ELISA in 10.85 percent of samples. Total RNA was extracted and subjected to RTPCR with the virus coat protein (CP) specific primers. As a result, fulllength CP gene (980 bp) was amplified from nine samples and sequenced. Phylogenetic analysis of these isolates and 30 GenBank TuMV isolates showed that six Iranian isolates fell in Asian BR group with other isolates from Iran, China and Turkey. Three Iranian isolates fell in World B group with the isolates from Canada and new Zealand. Homology matrix showed the highest similarity between SKK10 and IRNTT3 and the lowest between SKK10and AB093598 from Italy (98.96 and 87.2%, respectively). The phylogenetic analysis showed that TuMV isolates from saffron plant in Iran were classified in different groups; therefore, they may have derived from different ancestors. This is the first investigation of TuMV on saffron in Iran
|
|
Keywords
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|