ایجاد درخت ژنی با استفاده از واگرایی کولبک-لیبلر روی ژن‌های موثر بر تولید شیر در گاو شیری

نظریه اطلاعات، شاخه ای از ریاضیات است که با مهندسی ارتباطات، زیست شناسی و پزشکی هم پوشانی دارد. هدف از بررسی حاضر ارائه روشی جهت خوشه بندی تعدادی از ژن های موثر روی تولید شیر در گاو شیری با استفاده از الگوریتمی متکی بر واگرایی کولبک-لیبلر بود. در این پژوهش بعد از استخراج توالی dna ژن‌ و اگزون‌های موثر بر تولید شیر در گاو شیری، فراسنجه آنتروپی در مراتب یک تا چهار برای هر ژن و اگزون‌های هر ژن محاسبه شد. جهت استخراج فاصله میان ژن‌ها از یکدیگر، از واگرایی کولبک لیبلر در سه روش مختلف استفاده شد. روش‌های اول و دوم مبتنی بر همترازی ولی روش سوم غیر مبتنی بر همترازی و بر پایه آنتروپی نسبی ژن‌ها بود. نتایج هر سه روش واگرایی کولبک لیبلر روی توالی dna ژن‌ها و اگزون‌ها با استفاده از هفت روش معمولsingle ،complete ،average ،weighted ، centroid،  medianو kmeansخوشه‌بندی شدند. تجمیع نتایج هر خوشه‌بندی که با الگوریتم adaboost انجام شد، و خود نوعی درخت ژنی را تداعی کرد، نشان داد که روش سوم، خوشه‌بندی معقولی را از نظر زیستی برای مجموعه‌ای از ژن‌ها حاصل نمود چرا که با نتایج حاشیه نویسی ژنومی ژن‌های حاصل ازgenemania  مطابقت داشت. این اعتقاد وجود دارد که روش ارائه شده برای ایجاد درخت ژنی می‌تواند با سایر روش‌های متکی بر توالی dna ژن‌ها جهت خوشه بندی مجموعه‌ای از ژن‌ها، رقابت نماید و لذا می‌تواند در گروه‌بندی ژن‌های سایر گو‌نه‌ها نیز بکار رود.