بررسی صحت مدل ‏های تک صفتی و چند صفتی ژنومی در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط

هدف از این تحقیق ارزیابی مدل های حیوانی مختلف در سناریوهای متفاوت ژنومی جهت برآورد ارزش ‌های اصلاحی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (g × e) بود. داده‌ های ژنومی با تراکم‌ های متفاوت جایگاه های صفات کمّی (100 و 500) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیاد =ld) با تراکم k10 برای 30 کروموزم شبیه ‌سازی شدند. صفتی در سه محیط مختلف با وراثت پذیری های 0.10، 0.25 و 0.50 روی این ژنوم شبیه سازی شد. در مرحله بعد، همبستگی ژنتیکی ضعیف (0.47) و قوی‌ (0.83)  بین محیط سه (0.50=h2) با محیط های یک (0.10=h2) و دو (0.25=h2) ایجاد شد. نتایج نشان داد صحت پیش بینی ژنومی با افزایش هر یک از عوامل سطح ld ، وراثت پذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات افزایش یافت. استفاده از مدل چند صفتی نسبت به مدل تک صفتی باعث افزایش صحت پیش ‌بینی ژنومی شد. صحت پیش بینی های ژنومی هنگامی که ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات محیط سوم با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندانشان در محیط دوم برآورد شد بالاتر بود و بیش ترین صحت پیش بینی ژنومی (0.422) برای سناریو با تعداد پایین qtl و عدم تعادل پیوستگی بالا مشاهده شد. همچنین، با افزایش درصد حیوانات از 25 به 75 درصد، صحت پیش بینی ژنومی افزایش یافت. به طور کلی در صورت وجود اثر متقابل g × e، سطح ld، نوع حیوانات موجود در جمعیت مرجع و همبستگی ژنتیکی بین محیط های مختلف نقش مهمی را ایفا می کنند. در نتیجه می توان بیان کرد که با لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، صحت پیش بینی ژنومی بیشتر و فهم بهتری از تنوع ژنتیکی صفات کمّی حاصل می شود.