بررسی پایداری مولکولی مهارکننده‌های نسل دوم egfr در تعامل با پروتئین نوع وحشی: یک مطالعه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

در این مطالعه، تاثیر مهارکننده‌های نسل دوم egfr شامل afatinib، dacomitinib و neratinib و کاندیداهای دارویی canertinib و poziotinib بر پروتئین egfr نوع وحشی با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (md) مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور، داده‌های ساختاری از پایگاه‌های معتبر جمع‌آوری و تحلیل شدند. مطالعات داکینگ مولکولی به شناسایی محل‌های اتصال داروها منجر گردید و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (md) در شرایط فیزیولوژیکی، پایداری و تعاملات لیگاند-پروتئین را بررسی کرد. پارامترهای مختلفی نظیر rmsd، شعاع ژیراسیون (rg)، sasa و پیوندهای هیدروژنی برای بررسی پایداری کمپلکس‌ها محاسبه شدند. نتایج تحلیل mmpbsa نشان داد که neratinib با کمترین انرژی آزاد اتصال (δg)، تمایل اتصال بیشتری به egfr دارد و در طول شبیه‌سازی پایداری بالاتری از خود نشان داده است. همچنین، تحلیل مولفه‌ی اصلی (pca) نشان داد که کمپلکس egfr-neratinib دینامیک کمتری داشته و فضای فاز کمتری را اشغال می‌کند که نشان‌دهنده پایداری بیشتر این کمپلکس است.این نتایج نشان می‌دهد که neratinib می‌تواند به عنوان قوی‌ترین مهارکننده در مقایسه با سایر ترکیبات مورد بررسی، شناخته ‌شود و پتانسیل بالایی برای استفاده در درمان‌های ترکیبی علیه egfr دارد.

molecular stability assessment of second-generation egfr inhibitors in interaction with wild-type protein: a molecular dynamics simulation study

epidermal growth factor receptor (egfr) is one of the most important tyrosine kinase receptors that plays a key role in regulating cellular processes and the progression of many cancers, including lung cancer. in this study, the effects of second-generation egfr inhibitors, including afatinib, dacomitinib, and neratinib, as well as the candidate drugs canertinib and poziotinib, on wild-type egfr were investigated using molecular dynamics (md) simulations. for this purpose, structural data were collected and analyzed from reliable databases. molecular docking studies led to the identification of drug binding sites, and molecular dynamics (md) simulations under physiological conditions investigated stability and ligand-protein interactions. the parameters such as rmsd, radius of gyration (rg), sasa, and hydrogen bonds were calculated to evaluate the stability of the protein-ligand complex. the results of the mmpbsa analysis showed that neratinib, with the lowest free energy of binding (δg), has a higher binding affinity to egfr and demonstrated greater stability during the simulation. also, the principal component analysis (pca) showed that the egfr-neratinib complex has less dynamics and occupies less phase space, which indicates more stability of this complex.these results show that of all the compounds studied, neratinib may be the most potent and promising candidate in advancing combination therapies against egfr.