تخلیص rbdژن اسپایک ویروس 2 sars-cov-بیان شده در سلول پروکاریوتی و بررسی تمایل اتصال پپیتدهای ضدویروسی به این پروتئین با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیکی

همه‌گیری کرونا و مرگ‌ شمار کثیری از انسان‌ها در جهان، شرایط اجتماعی و اقتصادی کشورها را با خطر روبرو کرده است. ویروس sars-cov-2 از خانواده‌ کرونا ویرویده، عامل بیماری کرونا و مسبب شیوع آن در قرن اخیر است. به دلیل استفاده ویروس کرونای جدید از پروتئین اسپایک سطح خود برای ورود به سلول‌های میزبان و اتصال به پروتئین سطحی ace2 برای ورود ماده‌ ژنتیکی و عفونت‌زایی، مطالعه ناحیه‌ اتصال به گیرنده (rbd) در پروتئین اسپایک برای دانشمندان بسیار مهم است؛ با مهار این پروتئین و ناحیه اتصال به گیرنده‌ آن ، می توان مانع از ورود ویروس به سلول شد. با استفاده از کلونینگ می‌توان ژن‌های این ویروس را تکثیر و پروتئین آن را خالص‌سازی کرد. بکارگیری پپتیدهای ضدویروسی برای درمان بیماری‌ها یکی از روش‌های بسیار کاربردی است و در درمان sars-cov-2، پپتیدهای ممانعت کننده از اتصال rbd به گیرنده ace2 ،بسیار مورد توجه دانشمندان است. در تحقیق حاضر، کلونینگ rbd در وکتور بیانی pet28a، بیان پروتئین rbd و فیوژن پروتئین gfp/rbd در میزبان پروکاریوتی انجام شد. به دلیل محلول نبودن این پروتئین در میزبان پروکاریوت ، column refolding با شیب اوره با ستون نیکل-آگارز انجام و پروتئین سنتز شده از طریق تکنیک وسترن بلات تایید شد. از مقالات سه پپتید برای مقایسه‌ اتصال آن‌ها با rbd با استفاده از بیوانفورماتیک کاندید و تمایل اتصالشان به همدیگر با روش داکینگ مولکولی بررسی و مشخص شد می توان از پپتیدهای یاد شده به دلیل اتصال به rbd در صورت تایید میانکش بین آن ها در درمان عفونت این ویروس استفاده کرد.

purification of the rbd of sars-cov-2 spike gene expressed in prokaryotic cells and studying the binding affinity of antiviral peptides to this protein using bioinformatics studies

the countries’ social and economic conditions have been threatened by corona epidemic and a large number of people’s death in the world. sars-cov-2 virus, a form of corona virus family, is responsible for corona disease and its spread in the present century. the study of the receptor binding region (rbd) in the spike protein is very important for scientists because the new corona virus uses its surface spike protein for binding to the ace2 surface protein and entering its genetic material to the host cells. by this protein and its receptor binding region inhibition, the prevention of virus entrance to the cell is possible. the virus’s genes can be multiplied by cloning and its protein can be purified. the usage of antiviral peptides as the most practical methods and binding inhibitory peptides of rbd to the ace2 receptor for sars-cov-2 treatment, are of great interest to scientists. in the present research, rbd cloning in pet28a expression vector, rbd protein expression and gfp/rbd fusion protein were performed in prokaryotic host. due to this protein’s insolubility in the prokaryotic host, column refolding was performed with urea gradient with a nickel-agarose column and the synthesized protein was confirmed through western blot technique. three nominated peptides from articles used to compare their binding to rbd using bioinformatics and their tendency to bind to each other was investigated by molecular docking. the mentioned peptides can be used in this virus infection treatment due to their binding potential to rbd, if their interaction is proven.