پیش‌بینی بیوانفورماتیکی توالی‌های حفاظت شده mirna و مطالعه روند ایجاد و از بین رفتن آنها در بقولات

خانواده بقولات یکی از مهمترین خانواده های گیاهان به شمار می آید. در این تحقیق توالی های پیش ساز میکروآر‌ان‌ای در هفت گونه از بقولات شامل arachis hypogaea ، glycine max، glycine soja، lotus japonicus، medicago truncatula، phaseolus vulgaris و vigna unguiculata به شیوه جستجوی توالی‌های پیش‌ساز حامل توالی های همولوگ میکروآر‌ان‌ای بالغ در میان توالی‌های نسخه‌برداری شونده و با در نظر گرفتن مشخصات اختصاصی توالی و ساختمان دوم توالی پیش‌ساز در میکروآران‌ای‌های شناسایی شده، پیش بینی و مشخصات آنها مورد توجه قرارگرفت. همچنین جایگاه ژنومی توالی‌های پیش‌ساز تعیین گردید. در این مطالعه، 414 توالی پیش‌ساز میکرو‌آر‌ان‌ای متعلق به 130 خانواده در هفت گونه مذکور که مشخصات توالی و ساختار دوم آنها با مشخصات توالی های پیش ساز میکروآران‌ای گیاهی همخوانی داشت، پیش‌بینی و مشخصات آنها گزارش گردید. روابط بین گونه ها براساس روند ایجاد و از بین رفتن خانواده های میکروآران‌ای در هرگونه بر اساس بیشینه پارسمیونی به شیوه دولو بدست آمد و از این طریق درخت فیلوژنتیکی ارتباط گونه ها ترسیم شد. خانواده های میکروآر‌ان‌ای به وجود آمده و از بین رفته در گونه های مورد مطالعه در طول پیدایش و تکامل گونه‌ها مشخص و گزارش شد. نتایج نشان داد روند ایجاد خانواده های میکروآران ای در این خانواده اخیرا از شدت زیادی برخوردار بوده است. روابط بین گونه‌ها بر اساس روند ایجاد و از بین رفتن خانواده‌های میکروآران ای به شیوه مدل بیشینه پارسیمونی همخوانی با روابط فیلوژنی ندارد. در این مطالعه تعدادی از خانواده های میکروآران ای به عنوان خانواده های اختصاصی گونه و اختصاصی گروه شناسایی گردید که امکان استفاده از آنها به عنوان شناسه گر گونه/گروه وجود دارد.

in silicon prediction of conserved mirnas in leguminosae and their gains and losses during evolutionary process

leguminosae is one of the most important plant families. in this study, we searched arachis hypogaea, glycine max, g. soja, lotus japonicas, medicago truncatula, phaseolus vulgaris, and vigna unguiculata conserved mirnas through expressed sequence tag (est) based-homology method. all candidate sequences with appropriate fold-back structures were screened and characterized according to several filtering criteria. chromosomal mir locus and their distributions determined. the dollo maximum parsimony was employed to construct the species relationship based on the mir birth and death. also, the number of mirs gains and losses in the evolutionary process. in addition, we estimated the numbers of mirs in their ancestral species using dollo maximum parsimony in their phylogenetic tree. we found 414 novel mirnas from 130 mir families meeting the restricted filtering criteria. either evolutionary time or the number of mirnas gains and losses are estimated and characterized in the ancestral species based on the taxon-based phylogenetic tree. it speculates that gains of mirna gene families within leguminosae have accelerated during its evolutionary time. in addition, several taxon-specific mir families find to assign diverse taxon and their species. our thorough analyses resulted in the definition of some mirna families as being lineage-specific. therefore, they can use as markers in future systematic studies.