پیش بینی بیوانفورماتیکی micrornaهای جدید کد شده توسط ژن n-ras

مسیر پیامدهی ras یک مسیر سیگنالدهی درون سلولی مهم است که تنظیم کننده اصلی جنبه های مختلف رشد طبیعی سلول و تبدیل به بدخیمی می باشد. خانواده ژن ras از سه پروتئین g تشکیل شده است: h-ras ، n-ras و k-ras که نقش مهمی در پیامدهی سلولی جهت رشد، تکثیر و مهاجرت دارند. جهش در انکوژنras باعث ایجاد خواص بدخیمی می شود که برای رشد و گسترش سرطان مورد نیاز است. microrna هایی (mirna) که در ژنهای ras کدگذاری می شوند نیز ممکن است در ایجاد سرطان نقش داشته باشند. در این تحقیق، microrna های جدید واقع در ژن n-ras از نظر بیوانفورماتیکی پیش بینی شدند. از برنامه sscprofiler برای پیش بینی ساختارهای حلقه-ساقه در ناحیه ژنومی مورد نظر استفاده شد. پایگاه داده ای ucsc برای بررسی وضعیت حفاظت شدگی mirna فرضی و توالی پیش ساز آن مورد استفاده قرار گرفت. علاوه بر این، پیش بینی n-ras-mirs با استفاده از ابزار آنلاین maturebayes نیز انجام شد. علاوه بر این، نرافزار آنلاین rnafold که از الگوریتم پیش بینی ساختار حداقل انرژی آزاد (mfe) برای rna استفاده می کند، برای پیش بینی تقریبی ساختار حلقه ساقه استفاده شد. نتایج نشان داد که n-ras با طول حدود 5 کیلوباز دارای ساختارهای شبیه حلقه ساقه mirnaیی است که توالی نسبتاً حفاظت شده ای دارد. به طور کلی، شواهد کلی حاکی از وجود mirna های جدیدی است که در انکوژن n-ras کدگذاری می شوند.

bioinformatics prediction of novel micrornas located encoded by the n-ras gene

ras signaling is an important intracellular signaling pathway that is key regulator of several aspects of normal cell growth and malignant transformation. the ras gene family consists of three small g proteins; h-ras, n-ras, and k-ras that play a central role in cell signaling for growth, proliferation, and migration. mutation of the ras oncogenes creates the malignant properties that are needed for cancer to grow and spread. micrornas (mirnas) that are encoded within the ras genes might also have roles in cancer development. here, novel micrornas located in the human n-ras gene were bioinformatically predicted. ssc profiler program was utilized to predict the stem-loop structures within the genomic area of interest. ucsc genome browser database was useed to analyze the conservation status of the putative mirna and its precursor sequence. furthermore, the n-ras-mirs prediction was also performed by using maturebayes online tool. in addition, rnafold online software which applies the minimum-free energy (mfe) rna structure prediction algorithm, was used for approximate prediction of the stem-loop structure. our results demonstrate that n-ras with about 5kb length has some predicted mirna stem-loop-like structures that have relatively conserved sequences. overall, accumulative pieces of evidence indicated the presence of novel mirnas encoded within the n-ras oncogene.