ارزیابی بیوانفورماتیک و شناسایی نواحی اپی توپی پروتئین f ویروس بیماری نیوکاسل

ویروس بیماری نیوکاسل (ndv)، یکی از خطرناکترین عفونت های ویروسی را در بسیاری از پرندگان ایجاد می کند. مرگ و میر بالا و خسارت های اقتصادی زیاد، حاصل آلودگی به این ویروس است که در حال حاضر درمانی ندارد. ذخیره طبیعی این ویروس در بین پرندگان و گاهی غیر پرندگانی مانند حیوانات مزرعه باقی می ماند. در کشورهایی مانند ایران، این ویروس به یک وضعیت پایدار رسیده است. همچنین، این ویروس از طریق پرندگان مهاجر منتقل می شود. پروتئین f ویروس نیوکاسل یکی از عوامل مهم در بیماری زایی و تعیین سویه های بیماری زای این ویروس محسوب می شود که دارای نواحی مهمی در تعیین میزان بیماری زایی، تعیین میزان همجوشی ویروس و نکروز بافتی می باشد. در مطالعه حاضر، با بررسی محاسباتی پروتئین  fویروس نیوکاسل، برخی ویژگی های مربوط به پروتئین، مانند ناحیه شکست و نواحی اپی توپی مهم و حفاظت شده در ایمنی زایی پروتئین، گونه های آلوده در منطقه خاورمیانه و ویژگی های فیزیکوشیمیایی پروتئین مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد که پروتئین f ویروس نیوکاسل دارای نواحی بسیار محافظت شده می باشد و همچنین همولوژی بالایی بین توالی ها مشاهده می شود. با وجود حضور حداکثری سویه های بیماری زا در ناحیه خاورمیانه، سویه های غیر بیماری زا هم در ذخیره طبیعی این ویروس دیده می شوند. در این پژوهش با بررسی جامعی که انجام شد نواحی مهم در ایمنی زایی و ایجاد اپی توپ ها، شناسایی شدند که می تواند در توسعه واکسن های نوترکیب علیه این ویروس استفاده شود. 

bioinformatic analysis and identification of epitopic regions of newcastle disease virus f protein

newcastle disease virus (ndv) causes one of the most dangerous infections in birds. high economic losses and high mortality are outcomes of this virus, which does not have any immediate cure. the natural reservoir of this virus can remain among bird and non-bird animals like farm animals. in iran, this virus has reached a steady situation. also, it should be mentioned that migrating birds can transfer the virus. the f protein of the virus is essential in pathogenicity and determination of pathogenic strain of ndvs, which has the regions that are essential in pathogenicity, immunogenicity, cell fusibility, and tissue necrosis. in this study, with computational analysis of this protein, some features related to this protein such as protein cleavage site, the conserved region in immunogenicity, infected species in middle eastern countries, and physicochemical properties of protein were determined. results showed that the f protein of ndv consists of highly conserved regions that show a high rate of similarity and identity. despite the majority of strains characterized as pathogenic, there were still non-pathogenic strains circulating in the middle east. in this comprehensive study, protein regions essential in immunogenicity and epitope formation were identified, which may be used in the development of recombinant vaccines against this virus.