آپتامر، کاربردها و طراحی آن به روش in silico

آپتامرها توالی های تک رشته rna، dna و یا پروتئینی با اختصاصیت بالا هستند، که به طیف وسیعی از مولکولهای هدف تمایل اتصال دارند. آپتامرها در زمینه های مختلف مخصوصا پزشکی و تشخیصی کاربرد بالایی دارند و از نظر کاربردشان مشابه آنتی بادی ها هستند. استفاده از آپتامر به جای آنتی بادی مزایای زیادی از جمله قیمت ارزان، طول عمر بالاتر، افزایش قدرت نفوذ به بافت و غیره می باشد. چندین روش برای تولید آپتامر وجود دارد که با روش های in silico می توان مراحل تولید آپتامر را کوتاه و ساده تر کرد. با مدلسازی آپتامر می توان مجموعه ای از روشهای in silico مثل مدلسازی، داکینک و دینامیک مولکولی را برای غربالگری و دستیابی به بهترین توالی آپتامر به کار برد. در این مقاله مروری انواع آپتامرها، ساختارها و کاربردهایشان و روشهای طراحی آن ها در in silico به صورت مختصر بیان شده است.

aptamer, applications and its design in silico method

aptamers are single-stranded sequences of rna, dna, or highly specific proteins that tend to bind to a wide range of target molecules. aptamers are widely used in various fields, especially medicine and diagnostics, and are similar in their application to antibodies. there are many benefits to using aptamer instead of antibodies, such as low cost, longer life, increased tissue permeability, and more. there are several methods for producing aptamer that in silico methods can shorten and simplify the steps of aptamer production. with aptamer modeling, a set of in silico methods such as modeling, docking, and molecular dynamics can be used to screen for the best aptamer sequence. this article briefly reviews the types of aptamers, their structures and applications, and their design methods in silico.