داکینگ سوبسترایی و مطالعه بیوانفورماتیک کدون های نادر ژن لوسیفراز lampyroidea maculata

فرایند بیولومینسانس، یک پدیده گسترده در طبیعت بوده و آنزیم های لوسیفرازی در بخش هایی گسترده ای از حیات شناسایی شده اند اما آنزیم لوسیفراز شناسایی شده در خانوادهlampyrid  به دلیل ویژگی های برتر کاربردهای زیستی گسترده ای یافته است. به تازگی، کلونینگ یک ژن جدید از آنزیم لوسیفراز کرم شب تاب ایرانی با نام lampyroidea maculata گزارش شده است. در این مطالعه، در این مطالعه، آنالیز کدونهای نادر از ژن لوسیفراز حشره شب تاب ایرانی با استفاده از پایگاههای محاسباتی atgme، racc،latcom  و sherlocc مورد مطالعه قرار گرفت. همچنین، فرایند مدل سازی ساختاری این آنزیم انجام شد. در ادامه، وضعیت این کدون های نادر در این مدل ساختاری به کمک نرم افزارهای spdbv و pymol مورد مطالعه قرار گرفت. جایگاه اتصال سوبسترا در دهانه فعال آنزیم به کمک نرم افزارهای داکینگ  autodock vina بررسی شد. به کمک مدل سازی مولکولی، برخی از کدون های نادر شناسایی شدند که ممکن است نقش مهمی در ساختار و عملکرد این آنزیم داشته باشند. فرایند داکینگ مولکولی به کمک autodock vina  انجام شد و asp531 را که در اتصال به لوسیفرین و amp نقش دارد شناسایی شد. این آنالیزهای بیوانفورماتیکی نقش مهمی در طراحی داروهای جدید دارد.

molecular docking and bioinformatics study of rare codons in the lampyroidea maculata luciferase gene

the bioluminescence process is a widespread phenomenon in nature. these enzymes are identified in some domains of life, but the luciferases from the lampyridea genus are considered for biological applications. the molecular cloning of a new type of iranian firefly luciferase from lampyroidea maculata was reported, previously. in this study, we analyzed the rare codons of the iranian insect luciferase gene using the computational databases as atgme, racc, latcom, and sherlocc. also, the structural modeling process of this enzyme was performed. next, the status of these rare codons in this structural model was studied using spdbv and pymol software. in the following, the substrate binding site was studied using the autodock vina. by molecular modeling, some rare codons were identified that may have a critical role in the structure and function of this luciferase. autodock vina was used in the molecular docking that recognizes asp531 that yield closely related to luciferin and amp binding site.. this bioinformatics analyzes play an important role in the design of new drugs.