آنالیز فیلوژنتیکی و بیوانفورماتیکی cdna رمزگردان کیتیناز fenneropenaeus mergueinsis

کیتینازها جزء آنزیم های ضروری سخت پوستان می باشند که در چرخه پوست اندازی و هضم کیتین نقش مهمی ایفا میکنند. بر اساس مطالعه حاضر، cdna رمزگردان کیتیناز از penaeus mergueinsis با طول bp 1440 شامل 467 اسید آمینه با روش pcr تعیین توالی و سپس آنالیز فیلوژنیکی و بیوانفورماتیکی آن انجام شد. توالی جدید در بانک ژنی با شماره دستیابی mt250539ثبت شد و  وزن مولکولی پروتئین حاصل از این توالی kda 51.84 و نقطه ایزوالکتریک تئوریکال 4.79 تخمین زده شد. مقایسه توالی آمینواسیدی در بین کیتینازهای پنائید بیشترین شباهت (حدود 97 تا 92 %) به ترتیب با p. mondon chi-3، f. chinensis، p. vannamei و p. japonicus chi-3 نشان داد. بررسی های فیلوژنتیکی نشان داد که کیتیناز مطالعه حاضر متعلق به کیتینازهای گروه 3 می باشد. آنالیزهای الگوی پروتئینی آشکار شده نشان داد که کیتیناز p. mergueinsis شامل دمین کاتالیتیکی glyco-18 در موقعیت 2-347، یک جایگاه متصل شونده به کیتین پریتروفین a در موقعیت 403-456، یک پل دی سولفیدی شکل گرفته توسط دو سیستئین در موقعیت 421- 436، یک دمین متصل شونده به کیتین نوع 2، جایگاه فعال (117fdgldmdwe125)، یک ناحیه غنی از پرولین / ترئونین در موقعیت های 376-412 و یک جایگاه مفروض n – گلیکوزیلاسیون در موقعیت 424- 427 (ntsg) می باشد. مطالعه حاضر نشان می دهد که توالی p. mergueinsis حاوی موتیف های کیتیناز فعال و مشابه کیتینازهایی است که قبلا  تعیین توالی شده اند و درصورت کلونیگ، بیان و تخلیص احتمالا ویژگی های کارکردی و ساختاری مشابه آنزیم های گونه های مورد اشاره بالا را دارد.

phylogenetic and bioinformatics analysis of chitinase encoding cdna from fenneropenaeus mergueinsis

chitinases are essential enzymes in crustaceans that play an important role in the molting cycle and digestion of chitin. based on the present study, the chitinase encoding cdna of penaeus mergueinsis with a length of 1440 bp containing 467 amino acids was sequenced by pcr and then its phylogenetic and bioinformatics analysis was performed. the new sequence was registered in the gene bank with the accessition number mt250539 and the molecular weight of the protein resulting from this sequence was predicted to be 51.84 kda and the theoretical isoelectric point of 4.79. comparison of amino acid sequences among penaeid chitinases showed the highest identification (about 97 to 92%) with p. mondon chi-3, f. chinensis, p. vannamei and p. japonicus chi-3, respectively. phylogenetic studies showed that chitinase in the present study belongs to group 3 chitinases. revealed protein pattern analyzes showed that chitinase from p. mergueinsis contained the catalytic domain glyco-18 at position 2-347, a chitin-binding site of pritrophin a at position 403-456, a disulfide bridge formed by two cysteines at position 436-421 is a chitin-binding domain type 2, active site (117fdgldmdwe125), a proline / threonine-rich region at positions 376-412, and a putative n-glycosylation site at position 427-424 (ntsg). the present study shows that the p. mergueinsis sequence contains active chitinase motifs similar to previously sequenced chitinases, and in the case of cloning, expression and purification probably has functional and structural features similar to the enzymes of the above species.