شناسایی جهش های مسبب بیماری در ژنهای مرتبط با بیماری اپیزودیک کما در یک خانواده ای با سه دختر مبتلا به این بیماری با کاربرد روشهای توالی یابی نسل جدید

معرفی: مطالعه حاضر یک مورد کمای تکرار شونده خانوادگی را گزارش می کند که در آن سه دختر تشنجات سرکش نشان می دادند که منجر به کما میشد. پنل ژنی هدفمند برای صرع با کاربرد توالی یابی نسل جدید بکار برده شد تا واریانتهای مسبب بیماری در بیمارانمان را شناسایی کند.   روش کار: پس از کسب رضایت نامه از بیماران،  dna ژنومی از خون وریدی استخراج شد و سپس برای شناسایی جهشهای مرتبط با  صرع)، ابتدا، نواحی رمزکننده و مرزهای اگزون- اینترون از 72 ژن مرتبط با صرع با کاربرد کیت v4 سیستم غنی سازی هدفمند  sure selectبه دام انداخته شدند. کتابخانه های کپچر شده روی یک سیستم ایلومنا hiseq 4000 ،توالی یابی شدند، خوانشهای توالی یابی شده با یک ژنوم مرجع همتراز شدند.ابزار picard بکار رفت تا خوانشهای مضاغف را حذف کند وفراخوانی واریانتها  با کاربرد ابزار آنالیز ژنوم(gtak) انجام شد.  annovar بکار رفته شد تا واریانتها تفسیر کند، سپس واریانتهایی با فراونی آلل کمتر از 1% مطابق با پایگاهای دادههای نوکلئوتید مانند dbsnp و هزاره ژنوم، جداسازی شدند. ابزار in silico بکار رفته شد تا بیماریزایی واریانتها را ارزیابی کند.نتایج: مطابق با پایگاههای داده پیشگویی کننده پاتوژنسیتی ، موتاسیون خاصی یا واریانت از نو در ژنهای مرتبط با صرع  یافت نشد، ولی چندین پلی مورفیسم گزارش شدند.نتیجه گیری: با وجود اینکه برخی واریانتهای یا پلی مورفیسمهایی در ژنهای مرتبط با صرع در بیمارانمان یافت شدند. ولی نتوانست ما را در تشخیص قابل قبول برای این شرایط یاری دهد. تحقیقات بیشتری جهت آشکارسازی علت بیماری ادامه دارد.

the identification of the disease -causing mutations in genes associated with episodic coma in a family with three girls affected with this disorder using next generation sequencing (ngs)

introduction: the present study reports a case of familial episodic coma in which three girls manifesting refractory seizures followed by coma. targeted gene panel of epilepsy using next-generation sequencing (ngs) technique was requested to identified disease -causing variant(s) in the patients. materials and method: after obtaining a written informed consent from our patient, genomic dna was extracted from venous blood, for identifying mutations in epilepsy genes, at first, coding regions as well as all intron–exon boundaries of the 72 genes were captured by sure select target enrichment system v4 kit (agilent, santa clara, ca), then captured libraries were sequenced on an illumina hiseq 4000(illumina inc., san diego, ca, usa), sequenced reads were aligned with a reference human genome and picard tools was used to remove duplicated reads; variant calling was performed using the genome analysis tool kit (gatk). annovar was used to annotated variants, then all variants were filtered out based on minor allele frequency (maf) <1 % according to data bases of nucleotide including dpsnp, 1000 genome project. in silico tools was performed to evaluated pathogenicity of variant(s).result: according to databases of pathogenicity prediction of gene, no specific mutation in epilepsy genes was found in our patients, but several polymorphisms were reported.conclusion: given polymorphisms in genes related to epilepsy were found in our study, failed to provide us with an acceptable diagnosis of this condition, further research is needed to reveal the cause of the disease. key word: episodic coma, ngs, gene panel, epilepsy