پیش‌بینی شبکه برهمکنش پروتئین- پروتئین در گیاه جو براساس روش اینترولوگ

جو (hordeum vulgare) گیاهی یک‌ساله از خانواده poaceae است. این گیاه از غلات مهم مورد استفاده انسان بوده و در بسیاری از موارد جایگزین گندم شده است. محدودیت‌های مربوط به روش‌های آزمایشگاهی شناسایی برهمکنش‌های پروتئینی را با مشکل روبه‌رو کرده است. در سال‌های اخیر روش‌های محاسباتی گام موثری در پرکردن خلا موجود برداشته و نقش مهمی در زمینه پیش‌بینی و شناسایی برهمکنش‌های پروتئینی ایفا کرده است. در این مطالعه به‌منظور ساخت شبکه برهمکنش پروتئین پروتئین گیاه جو از اطلاعات برهمکنش‌های پروتئین پروتئین مربوط به شش ارگانیزم مدل شامل ساکارومایسس سروزیه (saccharomyces cerevisiae)، سینورابتیدیس الگانس یا نماتد (caenorhabditis elegans)، دروزوفیلا ملانوگاستر یا مگس میوه (drosophila melanogaster)، انسان (homo sapiens)، برنج (oryza sativa) و آرابیدوپسیس تالیانا (arabidopsis thaliana) استخراج شده از پایگاه داده intact استفاده شد و استخراج اطلاعات ارتولوگ‌های گیاه جو با ارگانیزم‌های مدل با استفاده از inparanoid صورت گرفت. روش اینترولوگ که در این مطالعه مورد استفاده قرار گرفته است، از منطبق‌کردن برهمکنش‌های پروتئینی ارگانیزم‌های مدل بر ارتولوگ‌های گیاه جو استفاده کرده و منجر به پیش‌بینی 247745 برهمکنش پروتئین پروتئین شد که پس از حذف برهمکنش‌های تکراری 235966 برهمکنش غیرتکراری بین 7350 پروتئین به دست آمد. مطالعه صورت‌گرفته اولین گزارش ارایه‌شده در زمینه پیش‌بینی شبکه برهمکنش پروتئین پروتئین گیاه جو است.

Constructing Hordeum vulgare Protein- Protein Interaction Network Based on Interolog Method

Hordeum vulgare is a oneyearold herb of the Poaceae family. It is an important cereal used by humans which has been applied in many cases instead of wheat. The limitation of experimental methods is one of the important problems for identifying proteinprotein interactions. So, in recent years, computational methods have played an important role in predicting and identifying proteinprotein interactions. In this study, for constructing proteinprotein interaction (PPI) network, the experimental PPI information of six model organisms includes Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Homo sapiens, Oryza sativa, and Arabidopsis thalian were extracted from the Intact database. Inparanoid was used for identifying barley orthologous proteins with model organisms. The Interolog method which was used in this study can predict proteinprotein interactions by mapping protein interactions of the model organisms on orthologous proteins. After removing repetitive interactions, the final predicted barley PPI network contained 235966 interactions between 7350 proteins. This study is the first report presented on proteinprotein interaction prediction in barley.