بررسی شبکه ژنی تحت کنترل mir-204-5p و mir-211-5p در سلول‌های رنگدانه‌دار شبکیه طی تبدیل از حالت اپیتلیالی به مزانشیمی از طریق آنالیز ادغامی mirna-mrna

اهداف: سلول‌های اپی‌تلیالی رنگدانه‌دار شبکیه (rpe) در حفظ سلامت و عملکرد شبکیه نقش مهمی ایفا می‌کنند، به‌طوری که نقص در عملکرد یا سلامت این سلول‌ها علت بیش از 200 نوع بیماری دژنراسیون شبکیه است. یافتن مسیرهای پیام‌رسانی و زیستی مربوط به تمایز rpe می‌تواند در تولید این سلول‌ها مفید واقع شده و امکان کاربرد کلینیکی خواهد داشت.مواد و روش‌ها: در مطالعه حاضر در مرحله اول با استفاده از انتخاب مجموعه ژن‌های هدف از اشتراک سه پایگاه داده پیش‌بینی‌کننده ژن‌های هدف microrna و اجتماع مجموعه حاصل با پایگاه داده تجربی ژن‌های هدف microrna، ژن‌های هدف با ضریب اطمینان بالاتری انتخاب شدند. در مرحله بعدی با انطباق ژن‌های هدف با ژن‌های دارای افزایش بیان در همان شرایط سلولی سعی شد تا عامل وابستگی اثر microrna به شرایط ترانسکریپتوم در نظر گرفته شود. در ادامه از اشتراک نتایج چندین پایگاه داده مسیریابی مختلف در کنار هم استفاده شد تا آنالیز دقیق‌تر و جامع‌تری از مکانیزم اثرگذاری micrornaهای مورد مطالعه ارایه شود.یافته‌ها: در این مطالعه سعی شده است تا شبکه ژنی تحت کنترل mir2045p و mir2115p، دو microrna موثر در سلول‌های rpe، را تا حد زیادی شبیه‌سازی کرده و فرآیندهای زیستی و مسیرهای پیام‌رسانی درگیر را مورد بررسی قرار دهیم.نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد این دو microrna در سلول‌های rpe در تنظیم زیرساخت‌های ترشحی، اتصالات و اسکلت سلولی و مسیرهای درگیر در التهاب و پاسخ زخمی به‌طور خاص در مسیر tgf beta;1 نقش ایفا می‌کنند.

Constructing microRNA-mRNA Integrative Network of miR-204-5p and miR-211-5p in RPE Cells Going Through EMT

Aims: The retinal pigment epithelium cells (RPE) have crucial roles in the health and functionality of retina. Any damage or dysfunction of these cells can lead to severe retinopathies. Identification of signaling pathways and biological processes involved in RPE differentiation can be useful in devising more robust therapeutic approaches.Materials and Methods: In the present study, we used the intersection of three online prediction databases and their ::union:: with one experimental database to select microRNAs gene targets. Next, by the intersect of the targeted genes with an increase in their expression in epithelial to mesenchymal transition (EMT) of RPE cells, we tried to build a microRNAmRNA integrative network. Further, several pathway analyses tools were used to perform a more accurate and comprehensive analysis of the signaling pathways and biological processes being regulated by selected miRs in the EMT of the RPE cells.Findings: Our study revealed that among the 3406 genes being upregulated over the course of EMT in RPE cells, adj pvalue le;0.05, fold change ge;1.5, 93 genes were miR2045p and miR 2115p target genes. Further analysis of the obtained target gene list demonstrated that these two microRNAs are mostly involved in maintaining RPE cells from going through EMT via regulation of cell adhesion and secretion subnetworks and also MAPK and TGF beta;1 signaling pathways while preserving cells from apoptosis and neuronal fates.Conclusion: This study indicated that miR2045p and miR 2115p are involved in protecting RPE cells from EMT and reinforce their epithelial cell identity.