بررسی انتقال افقی ژن‌های مربوط به پروتئین‌های تیپ iii سیستم ترشحی t3ss در چندین گونه باکتری سودوموناس با استفاده از نرم‌افزار seqword

همه باکتری‌ها دارای سیستم ترشحی برای انتقال ماکرومولکول‌های خود به بیرون هستند. در حال حاضر هفت سیستم ترشحی شناسایی شده است. بررسی انتقال افقی این ژن‌ها و ردیابی آنها، می‌تواند نقس بسیار مهمی در فهم ما در مورد نقش وکاربرد این ژن‌ها در باکتری و موجوات دیگر مانند میزبان آنها را داشته باشد. در مطالعه حاضر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی مانند seqword_viewer در پایگاهای اطلاعاتی مانند عناصر ژنتیکی متحرک (mges)، aclame، pathogenicity islands database (paidb) به بررسی ژن‌های تیپ iii (t3ss) در بعضی از گونه‌ای باکتری سودوموناس پرداخته شد. نتایج نشان داد انتقال افقی بین ژن‌های تیپ iii بین 30 تا 100% است. همچنین باکتری گونه سودوموناس فلورسنس با 15 ژن انتقال‌یافته بیشترین گونه را دارد. بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که گونه p. fluorescens f113 با 11 ژن بیشترین قابلیت انتقال ژن‌های تیپ 3 سیستم ترشحی را دارد. همچنین نتایج نشان می‌دهد که انتقال افقی در بین ژن‌های تیپ سه در بعضی از گونه‌ها همچون p. fluorescens pf5، p. syringae pv. glycinea، p. syringae pv.aptata، p. syringae pv.japonica، p. syringae pv. pisi و p. aeruginosa ucbpppa14 و انتقال 100% در تیپ iii سیستم ترشحی مشاهده شد. می‌توان از بررسی‌ها استنتاج کرد که باکتری‌های با احتمال بالا در بیماری‌زایی، بیشترین انتقال افقی را دارند که نشان‌دهنده انتقال سیستماتیک انتقال بیماری بین میزبان و عامل بیماری‌زایی طی تکامل است.

Horizontal transfer analysis of type III secretion system (T3SS) genes in several types of Pseudomonas bacteria using Seqword software

All bacteria have many different secretion systems to transfer of their macromolecules to out. Currently, seven secretion systems have been identified. Transfer, tracing, and horizontal transmission of this gene groups, are many important in our understanding about these gene's application in bacteria and other substances. In this study, we examined Type III secretion system (T3SS) genes in Pseudomonas with using the bioinformatics software such as SeqWord Genome Browser in some databases for instants, ACLAME, Mobil Elements Genetic (MGEs), and PAthogenicity Islands Data Base (PAIDB). The results indicated that the T3SS genes transfers are observed with the percentage between 30% and 100%. Our findings also show the P. fluorescens bacterium has the most species with 15 transmitted genes. Bioinformatics predictors showed P. fluorescens F113 subtype with 11 genes had the highest transferability of T3SS cluster genes. The bacteria species such P. Fluorescens Pf5, P. syringae pv. Glycinea, P. syringae pv. Aptata, P. syringae pv. Japonica, P. syringae pv. Pisi, P. aeruginosa UCBPPPA14 show up about 100% of horizontal transfer from T3SS. Our results also indicated that T3SS, which are important in the bacteria disease, have the highest transmission rates. This study indicates can be showing the systematic transmission of disease from host and pathogen during the evolution.