|
|
|
|
جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید مشتق‌شده از انتهای کربوکسیل آن، روی دومین‌های بتا-پراپلر اول و دوم lrp6؛ یک دیدگاه ساختاری در طراحی دارو
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
تقدیر مجید ,دهقان‌بنادکی نجمه
|
|
منبع
|
زيست فناوري - 1396 - دوره : 9 - شماره : 1 - صفحه:47 -52
|
|
چکیده
|
اهداف: پروتئین مسد، مهارکننده عمومی مسیر است و اثرات درمانی علیه سرطان پستان منفی سه‌گانه دارد. پپتید مشتق‌شده از ناحیه انتهای کربوکسیل مسد، مشابه با پروتئین، به‌عنوان مهارکننده عمل می‌نماید. هدف پژوهش حاضر، بررسی جایگاه احتمالی اتصال مسد و پپتید مشتق‌شده از انتهای کربوکسیل آن، روی دومین‌های بتا پراپلر اول و دوم lrp6 بود.مواد و روش‌ها: پژوهش تجربی حاضر با شبیه‌سازی میان‌کنش بین مولکولی بدون پیش‌فرض و هدفمند، به‌ترتیب توسط دو ابزار تحت شبکه cluspro و haddock و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی صورت گرفت. اتصال پروتئین مسد و پپتید آن روی lrp6 بررسی و کمپلکس‌ها آنالیز ساختاری شدند.یافته‌ها: سطوح وسیعی از پروتئین مسد در میان‌کنش با lrp6 قرار داشت و سطوح درگیر پپتید بسیار کمتر بود. جهت‌گیری اتصال مسد به کمک‌گیرنده، از ناحیه انتهای کربوکسیل بود. محل اتصال پپتید و پروتئین روی lrp6 ناحیه‌ای مشابه بین دومین‌های بتا پراپلر اول و دوم این کمک‌گیرنده بود. نمودار rmsd و rmsf کمپلکس مسد و پپتید آن با دومین عملکردی اول کمک‌گیرنده lrp6 تقریباً مشابه بود.نتیجه‌گیری: محل اتصال لیگاندهای مسد و پپتید روی کمک‌گیرنده دقیقاً یکسان نیست، ولی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کمپلکس‌های منتخب، از الگوی مشترک مکانیزم مهار، در پپتید و پروتئین، با تاکید بر کنترل حرکت بین دومینی حکایت دارد. ناحیه درگیر در میان‌کنش هر کدام از لیگاندها، از لحاظ ساختاری نزدیک به ناحیه‌ای از کمک‌گیرنده است که دارای بیشترین انعطاف‌پذیری است. شبیه‌سازی میان‌کنش مولکولی پروتئین با کمک‌گیرنده، بیانگر نقش مهم ناحیه انتهای کربوکسیل در اتصال آن به lrp6 است.
|
|
کلیدواژه
|
مسد، lrp6، پیام‌رسانی wnt، سرطان پستان، شبیه‌سازی میان‌کنش مولکولی
|
|
آدرس
|
دانشگاه تربیت مدرس, دانشکده علوم زیستی, گروه بیوفیزیک, ایران, دانشگاه تربیت مدرس, دانشکده علوم زیستی, گروه بیوفیزیک, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Probable Binding Sites of Mesd and Its Peptide Derived from Carboxyl Terminal on LRP6 First and Second Beta-Propeller Domains; A Structural Approach in Drug Design
|
|
|
|
|
Authors
|
Taghdir M. ,Dehghan Banadaki N.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|