همسانه‌سازی، تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیک ژن Cyp81q1 رقم ایرانی کنجد

اهداف: آنتی اکسیدان های موجود در روغن کنجد شامل توکوفرول ها و سزامین ماندگاری آن را در برابر حرارت بسیار افزایش داده است. به دنبال افزایش بیان ژن رمزکننده آنزیم سیتوکروم p450 (cyp81q1)، محتوای سزامین در مراحل مختلف توسعه دانه کنجد افزایش می یابد. هدف این پژوهش همسانه سازی، تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیک ژن cyp81q1 رقم ایرانی کنجد بود.مواد و روش ها: در پژوهش تجربی حاضر، dna کل از برگ و ساقه های گیاه کنجد رقم کرج 1 استخراج و ژن هدف به وسیله pcr تکثیر شد. همسانه سازی ژن cyp81q1 در ناقل دوتایی pbi121 انجام شد و درستی همسانه سازی به سه روش هضم آنزیمی، pcr، توالی یابی نوکلئوتیدی و خصوصیات بیوانفورماتیک این ژن مورد بررسی قرار گرفت و نمودار راماچاندران مربوط به ساختار سه بُعدی این ژن رسم شد. یافته ها: درستی همسانه سازی تایید شد. نتایج توالی یابی dna، صحت قطعه همسانه سازی شده را تایید نمود. وزن مولکولی و نقطه ایزوالکتریک پیش بینی شده این پروتئین به ترتیب 57021/3دالتون و 8/46 بود. ساختار سه بُعدی پروتئین دارای زنجیره استروکیمی خوبی بود. نتیجه توالی یابی این ژن تفاوت در 23 نوکلئوتید این ژن در کنجد رقم کرج 1 (شماره دسترسی kp771974.1) با توالی گزارش شده در بانک ژن ncbi (شماره دسترسی ab194714.1) را نشان داد که منجر به ثبت توالی ژن cyp81q1 در رقم ایرانی کنجد (کرج 1) در این پایگاه شد.نتیجه گیری: براساس توالی یابی نوکلئوتیدی، ژن هدف دارای 1521جفت باز است و در 23 نوکلئوتید با نمونه ثبت شده در بانک جهانی ncbi تفاوت دارد. این ژن، پروتئینی به طول 506 اسیدآمینه را رمز می کند. پروتئین مورد نظر بسیار شبیه با پروتئین ثبت شده در پایگاه اطلاعات ncbi است.