ارزیابی تکاملی هاپلوتایپ‌های ژنتیکی غالب ویروس sars-cov-2 در ایران در بازه زمانی خرداد تا آبان 1399

اهداف: مطالعات اولیه تغییرات نوکلئوتیدی درتوالی‌های ژنومی ویروس، منجر به شناسایی 13 گروه هاپلوتایپی شده است. از بین این هاپلوتایپ‌ها موارد h1، h2 و h5 بیشترین فراوانی را در دنیا نشان داده‌اند. بنابراین تغییرات برچسب تک‌نوکلئوتیدی، در این هاپلوتایپ‌ها با استفاده از روش pcr در جمعیت ایرانی ارزیابی شد.مواد و روش‌ها: نمونه‌های rna این مطالعه مقطعی از افرادی که در بازه زمانی خرداد تا آبان سال 1399 به یکی از آزمایشگاه‌های تشخیصی ناجا در شهر تهران مراجعه کرده بودند و ابتلای آنها به covid-19 به وسیله تست pcr تایید شده بود، گرفته شد. 300 نمونه به روش تصادفی انتخاب شدند. به منظور شناسایی و تعیین فراوانی تغییرات برچسب تک‌نوکلئوتیدی موجود در هاپلوتایپ‌های h1،h2 و h5 تمام نمونه‌ها با استفاده از رویکرد arms-pcr ارزیابی شدند. جهت کسب اطمینان از صحت نتایج arms-pcr تعدادی از نمونه‌ها به روش sanger، توالی‌یابی شدند.یافته‌ها: تعیین ژنوتیپ نمونه‌های ژنومی نشان داد، 122 نمونه دارای جهش شاخص گروه هاپلوتایپی (28688t>c)h5 و 158 نمونه دارای جهش شاخص گروه هاپلوتایپی (14408c>t) h1 بودند. همچنین مشاهده شد که 11 نمونه همزمان با دو هاپلوتایپ ویروسی متفاوت آلوده شده بودند. به علاوه در نمونه‌های مورد بررسی گروه هاپلوتایپی h2 مشاهده نشد.نتیجه‌گیری: ارزیابی‌ها حکایت از آن دارد که جمعیت غالب ویروس‌های آلوده‌کننده افراد ایرانی در اوایل همه‌گیری دارای هاپلوتایپ h5 بودند. به دنبال گسترش قابل توجه گروه هاپلوتایپی h1 در سطح جهان و با گذشت زمان، این گروه به عنوان هاپلوتایپ غالب جایگزین h5 گردید. توالی‌های از نوع h1 واجد تغییرات مهمی در دو ژن rdrp و s بودند که به ترتیب در تکثیر ژنوم ویروس و اتصال به سلول میزبان نقش داشتند