طراحی بیوانفورماتیکی یک سازه هیبریدی به عنوان کنترل مثبت جهت شناسایی هم‌زمان چهار عامل بیماری‌زا به روش pcr

اهداف: امروزه یکی از مهم‌ترین مشکلات در تشخیص پاتوژن‌های انسانی، کمبود کنترل مثبت است. ایدۀ استفاده از حامل‌های هیبریدی شامل ژن‌های پاتوژن‌های مختلف، می‌تواند به این محدودیت‌ها غلبه کند. ما می‌توانیم برای هر ناحیه پرایمرهای اختصاصی طراحی و از حامل‌های هیبریدی به عنوان نمونۀ‌ کنترل مثبت در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز استفاده کنیم. در این پروژه، ما یک حامل هیبرید و پرایمرهای مربوطه را برای تشخیص فرانسیسلا، واریولا، بورخولدریا و یرسینیا به‌صورت انفورماتیکی طراحی کردیم.مواد و روش‌ها: در این مطالعه ژن‌های fopa، caf1، 16srrna و ha به ترتیب به نمایندگی از فرانسیسلا، یرسینیا، بورخولدریا و واریولا برای قرار‌دادن روی حامل انتخاب شدند. توالی این ژن‌ها از پایگاه دادۀ ncbi به فرمت fasta استخراج شد و برای یافتن ناحیۀ حفاظت‌شدۀ هر ژن، در نرم‌افزار bioedit 7.0.5.3 هم‌ردیف‌سازی شد. سپس تغییرات خاصی در هر منطقه ژنی اعمال گردید و توالی‌ها در کنار یکدیگر قرار گرفتند و سازه مدنظر طراحی شد. پرایمرهای اختصاصی برای هر ناحیه‌ی ژنی با استفاده از نرم‌افزارهای oligo 7، bioedit و همچنین ابزار oligoanalyzer و پایگاه‌دادۀ ncbi طراحی شد. در پایان در نرم‌افزار snapgene 3.2.0.1، سازه‌ در حامل puc57 همسانه‌سازی شد و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز روی حامل هیبریدی با استفاده از پرایمرهای طراحی‌شده، شبیه‌سازی گردید.یافته‌ها: آنالیزها تایید کردند که نواحی حفاظت‌شده برای هر ژن روی حامل هیبریدی قرار گرفتند و شبیه‌سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز، صحت پرایمرهای طراحی‌شده را تایید کرد.نتیجه‌گیری: یک سازه هیبریدی شبیه‌ساز ژنتیکی به همراه انواع پرایمرهای مورد نیاز برای شناسایی چهار عامل فرانسیسلا، واریولا، بورخولدریا و یرسینیا به‌صورت بیوانفورماتیکی طراحی شده است تا بتوان با استفاده از آن به عنوان کنترل‌ مثبت، در شرایط اضطراری بتوانیم این‌گونه عوامل را شناسایی کنیم.