بررسی بیان افتراقی پروتئین های محافظ در گیاه آرابیدوپسیس تحت تنش شوری با روش itraq2dlcms/ms و آنالیز شبکه ژنی مربوطه

شناسایی و کمیت سنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای itraq جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیت سنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در پایگاهداده و آنالیز توالی‌های مربوطه استفاده شد. با توجه به نتایج به‎دست آمده از itraq2dlcms/ms مجموعهای از پروتئینها از جمله p5cs1، kin1، kin2، erd10، erd14 و cor47 شناسایی شد. نتایج بیان ژنهای مربوطه نشان داد که بیان این ژنها تنها به تنش شوری محدود نمیشود و در پاسخ به سایر تنشهای اسمزی نیز دخالت دارند. شبکه ی ژنی پروتئین های شناسایی شده با نرم افزار string بررسی گردید. بر اساس نتایج به‎دست آمده در طی بیان این ژنها ترکیبات محافظ از جمله مواد محلول سازگار، پروتئین‌های دهایدرین و غیره در سلول تولید میشود که حضور آنها منجر به القای مکانیسمهای مقاومت و تحمل در گیاه در برابر تنشهای اسمزی از جمله شوری می شود.

Investigation of differential protein expression of protective proteins under salinity stress in Arabidopsis by iTRAQ2DLCMS/MS and analysis of gene expression and related gene network

Identification and quantification of proteins and genes that expressed in the salinity stress conditions could lead to better understanding of the response mechanisms. So, in this study iTRAQ comparative proteomic method was used to investigate the protein changes and quantification of them under salinity stress. Then, more studies about the function of identified genes were done using gene expression and coexpression data obtained from databases and analysis of related sequences. According to the results of iTRAQ2DLCMS/MS a set of proteins including P5CS1, KIN1, KIN2, ERD10, ERD14 and COR47 were identified. Results showed that expressions of the related genes were not just restricted to salinity stress. They were also involved in other osmotic stresses. Gene network based on identified proteins was evaluated by String software. Based on the results, during the expression of these genes, protective compounds such as compatible solutes, dehydrin proteins and etc. were produced in the cells. Presence of the compounds led to induction of resistance and tolerance mechanisms in plants against osmotic stress such as salinity.