تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity

زعفران (crocus sativus l.)، ارزشمندترین و محبوب­ترین ادویه جهانی، گونه­ای تریپلوئید از خانواده iridaceae می­باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت­های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی­یابی، توالی­یابی rna (rnaseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان­تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی­های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آن­ها در دسترس نیست. توالی­یابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در داده­های ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پایین­دست ضروری می­باشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالی­یابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرم‌افزار پرکاربرد به نام­های soapdenovo و trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالی­ها و تعداد یونی­ژن­های بدست آمده در trinity بیشتر از soapdenovo می­باشد (میانگین 689 برای trinity و 624 برای soapdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه می­شود منجر به افزایش معنی­داری در تعداد رکوردهای به­دست آمده در پایگاه­های اطلاعاتی می­شود و تعداد بیشتر یونی­ژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیت­های مهم بیشتری را فراهم می­کند. یونی­ژن­های مونتاژ شده در trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونی­ژن­های مونتاژ شده بوسیله soapdenovo بود. به­طور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آن­ها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرم‌افزارهای مختلف  بر روی موجودات مختلف می­توان توصیه­هایی در زمینه استفاده از آن­ها ارائه داد و نرم‌افزار مناسب­تر را انتخاب کرد.