سازوکارهای تکاملی زمینه‌سازِ تنوع متابولیت‌های ثانویه سه گونه براسیکا با استفاده ازتحلیل مقایسه‌ای این‌سیلیکو ژن‌های مرتبط

گیاه زراعی brassica napus به‌عنوان یک دانه روغنی مهم، پس از هیبریداسیون بین گونه‌ای اجدادش تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. به‌منظور تبیین ساز و کارهای تکاملی زمینه‌سازِ تنوع متابولیت‌های ثانویه، تحلیل مقایسه‌ای این‌سیلیکو ژن‌های افتراقی بین سه گونه براسیکا انجام شد. بعد از هم‌گذاری توالی اولیه est کتابخانه‌ها با استفاده از نرم‌افزار egassembler، کانتیگ‌ها به‌وسیله جستجوگر بلاست x توسط نرم‌افزار clc protein workbench در مقابل پروتئین‌های غیر تکراری بانک ژن واکاوی شدند. نرم‌افزار ideg6 و آماره audicclaverie برای تعیین بیان افتراقی ژن‌ها استفاده شد. برای شناسایی ارتولوگ‌ها و پارالوگ‌ها، از تارنمای ensembl plants استفاده شد و هم ردیفی دو به دو برای هر جفت پروتئین توسط clustalw انجام شد. کشف موتیف dna یک گام اولیه در بسیاری از سیستم‌ها برای مطالعه عملکرد ژن است، بنابراین وب سایت meme و وب ابزار stamp برای کاوش موتیف اتصال به dna و تعیین شباهت توالی‌های موتیف پارالوگ‌ها استفاده شد. نتایج، تفاوت معنی‌داری را بین 18 ژن درگروه‌های کارکردی متابولیسم ثانویه و تنظیم رونویسی نشان داد. اکثر ژن‌های دخیل در تنوع گلوکوزینولات‌ها در b. napus دارای ژن‌های ارتولوگ در گونه‌های اجدادی و آرابیدوپسیس بودند که طی فرایندهای تکاملی واگرا شده‌اند. درحالی‌که بیشتر ژن‌های تنظیم رونویسی شامل myb28 و bhlh دارای ژن‌های پارالوگ بودند که در درون گونه b. napus و در نتیجه تکثیر و جهش، به دنبال تغییرات حاصل از آلو پلی‌پلوئیدی تغییر عملکرد یافته‌اند. ژنوم اجداد b. napus، منابع ارزشمندی برای تحلیل این‌سیلیکو در درک پیامدهای ژنتیکی پلی‌پلوئیدی، تکامل و اصلاح b. napus فراهم می‌کند.

Evolutionary mechanisms underlying secondary metabolite diversity of the three Brassica species using insilico comparative analysis of the related genes

Brassica napus field plant, as an important oilseed, has undergone extensive genome reconstruction after interspecies hybridization of its ancestors. To elucidate the evolutionary mechanisms underlying the diversity of secondary metabolites, insilico comparative analysis of different genes between three Brasica species was performed. After assembling the preliminary EST sequence of libraries using EGassembler software, the contigs were analyzed by Xblast using CLC Protein Workbench software against nonredundant proteins databank. IDEG6 software and AudicClaverie statistics were used to determine the differential expression of genes. To identify orthologs and paralogs, the Ensembl Plants website and CLUSTALW were used for a pairwise alignment for each pair of proteins. The discovery of the DNA motif is a first step in many systems to study gene function, so the MEME website and STAMP webtool were used to explore the DNA binding motif and determine the similarity of the motif sequences of the paralogs. The results showed a significant difference between 18 genes in the functional groups of secondary metabolism and transcriptional regulation. Most of the genes involved in the glucosinolate diversity in B. napus have ortholog genes in the ancestral species and Arabidopsis, which have diverged during evolutionary processes. While most transcriptional regulatory genes, including MYB28 and bHLH, have paralog genes that have been functionally altered within B. napus as a result of duplication and mutation following changes in allopolyploidy. The ancestral genome of B. napus provides valuable resources for insilico analysis in understanding the genetic consequences of polyploidy, evolution and breeding of B. napus.