مطالعه بیوانفورماتیکی خانواده ژنی bes1 در گستره ژنوم vitis vinifera l.

برازینواستروئیدها (brassinosteroids) هورمونهای استروئیدی گیاهی هستند که کارکرد متنوعی در تنظیم طیف وسیعی از فرآیند‌های رشد و نموی و همچنین پاسخ به تنش‌های زیستی و غیرزیستی ایفا می‌کنند. عوامل رونویسی bes1 در تنظیم بیان ژن‌های واکنش‌گر به برازینواستروئید نقش حیاتی دارند. تکمیل توالی‌یابی ژنوم انگور محققان را قادر ساخته است که خانواده‌های ژنی را در گستره ژنوم انگور شناسایی و مطالعه کنند. لذا در این تحقیق ژن‌های خانواده bes1 شناسایی و مطالعه شد. ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی، درخت فیلوژنی، ساختار ژنی، موتیف‌های حفاظت شده، عناصر تنظیمی، تنظیم بیان پس از رونویسی و پروفایل بیانی ژن‌های شناسایی شده انجام شد. نتایج نشان داد که انگور دارای هفت ژن bes1 می‌باشد که بر اساس آنالیز فیلوژنتیکی در 3 زیر گروه قرار می‌گیرند. هر زیرگروه موتیف‌های حفاظت شده داشته که نشان دهنده روابط ژنتیکی نزدیک در بین اعضاء هر زیر گروه است. بر اساس جایگاه کروموزومی 1، 1، 2، 1، 1 و 1 ژن به ترتیب بر روی کروموزوم‌های 2، 4، 10، 15، 18 و 19 قرار دارند. آنالیز ناحیه پیش‌بر ژن‌های bes1 نشان داد که این ژن‌ها دارای عناصر پاسخ به هورمون‌ها، تنش‌ها و نیز اختصاصی بافت می‌باشند. همچنین ژن‌های vvbes11، vvbes13 و vvbes15 دارای جایگاه اتصال مولکول‌های mirna هستند. پروفایل بیانی این ژن‌ها بر اساس داده‌های ریزآرایه حاکی از الگوی بیانی متفاوت ژنهای bes1 انگور در بافت‌ها در مراحل نموی مختلف می‌باشد. مطالعه این خانواده اساس تئوریتیکال لازم برای درک تکامل و کارکرد خانواده ژنی bes1 در انگور را مهیا می‌کند.

Genome wide bioinformatics analysis BES1 gene family in Vitis vinifera L.

Brassinosteroids (BRs) are the plantspecific steroidal hormones that regulate a broad spectrum of plant growth and developmental processes under normal conditions and various biotic, and abiotic stresses. BES1 transcription factors regulate the expression of brassinosteroidresponsive genes. Completion of the grape genome sequencing enabled us to undertake a genomewide identification of the gene families in this plant. Therefore, we performed a genomewide investigation of BES genes in grape. The physicochemical properties, phylogeny tree, gene structure, conserved motifs, cisacting elements, miRNA, and gene chip expression of the grape BES1 transcription factors were analyzed using the bioinformatics tools. The results showed that the grape BES1 transcription factors had seven members, which clustered into three subgroups according to the phylogenetic analysis. Each subgroup was well defined by the conserved motifs, implying that close genetic relationships could be identified among the members of each subgroup. According to the chromosomal locations, 1, 1, 2, 1, 1, and 1 genes were located on chromosomes 2, 4, 10, 15, 18, and 19, respectively. The analysis of cisacting elements indicated that BES1 genes contained response elements of hormones and abiotic stresses, as well as organspecific elements. The miRNA target analysis indicated that VvBES11, VvBES13, and VvBES15 contained miRNA target position in grape. Gene chip expression profile analysis revealed that the expression patterns of the grape BES1 genes were different in different organs and developmental stages. The analysis of this gene family would provide some theoretical basis for understanding the evolution and function of the BES1 genes in the grape.