ردیابی مولکولی ویروس‌های زردی رگبرگ خیار و کوتولگی زرد کدوئیان در جنوب شرق ایران و آنالیز ژنتیکی جدایه از cvyv

بیماری‌های زردی ناشی از ویروس‌های قابل انتقال با سفیدبالک در مزارع کدوئیان اهمیت زیادی داشته و به کدوئیان مناطق وسیعی از جهان خسارت زیادی وارد می‌کنند. در تحقیق حاضر، از مزارع مختلف کدوئیان در جنوب شرق (سیستان و بلوچستان) 195 نمونه طی تابستان و زمستان سال‌های 961395، با علایم مانند: زردی، کوتولگی و بدشکلی برگها جمع آوری شد. به‌منظور ردیابی ویروس‌های زردی رگبرگ خیار و کوتولگی زرد کدوئیان، با استفاده از آغازگر شش نوکلئوتیدی تصادفی و آر ان ای کل استخراج‌شده از نمونه‌های گیاهی، cdna تهیه شد. سپس آزمون پی سی آر با استفاده از cdna سنتز شده و آغازگرهَای اختصاصی منطبق با بخشی از ژن رمزکننده پروتئین پوششی (cv+/cv و cyscpf/cyscpf) انجام گردید. نتایج حاصل نشان داد در 55 نمونه مشکوک قطعه450 جفت بازی و در 17 نمونه، قطعه700 جفت بازی مربوط به بخشی از ژن رمز کننده پروتئین پوششی ویروس‌های cvyv وcysdv به ترتیب تکثیر شدند. توالی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی مربوط به دو جدایه ویروس cvyv تعیین شد. توالی پروتئین پوششی دو جدایه با یکدیگر و با 17جدایه دیگر قابل دسترسی در بانک ژن مقایسه گردید. براساس مطالعات تبارزایی جدایه‌های cvyv به دو گروه اصلی i (زیرگروه‌های ia و ib) و ii تقسیم شدند: گروه اول شامل جدایه‌های از لبنان، اردن، تونس، اسپانیا و فرانسه اما گروه دوم تنها شامل جدایه‌ها‌ی ایران (چابهار و زهک) بود که نشان دهنده تنوع بالای این جدایه‌ها است. نتایج شاخص‌های تنوع ژنتیکی و انتخاب نشان داد: جریان ژنی از اروپا به آسیا بسیارکم و تفاوت ژنتیکی بین آن‌ها زیاد است و منطقه cp تحت محدودیت‌های شدید انتخاب منفی است که باعث تنوع و تکامل گونه cvyv شده است. به‌طور کلی، براساس نتایج بیشترین تنوع مولکولی و میزبانی مربوط به گروه آسیا است.

Molecular detection of Cucumber vein yellowing virus and Cucurbit yellow stunting disorder virus in southeastern Iran and the genetic analysis of isolates from CVYV

Yellowing diseases of field and greenhousegrown cucurbits caused by whiteflytransmitted viruses are increasingly becoming important and cause economic losses in many cucurbits growing areas of the world. In this research, 195 samples with symptoms yellowing, stunting and deformation of leaves were collected from fields of cucurbits in the SouthEast Iran (Sistan and Baluchestan). In order to detect CVYV and CYSDV, cDNAs were prepared using Random Hexamer primer and total RNAs extracted from the collected samples.Then, Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed using exteracted RNA and specific primers (CYSCPf and CYSCPr for CYSDV, CV+ and CV for CVYV). The results revealed that a 450 bp fragment from the CVYVCP and a 700 bp fragment from CYSDVCP were amplified from 55 and 17 samples, respectively. About 7% of the samples had simultaneous contamination with the two viruses. Based on the Phylogenetic studies CVYV were divided into two main groups I (subgroups IA and IB) and II: the first group belongs of isolates from Lebanon and Jordan, Tunisia and Spain, but the second group contained only isolates of Iran (Chabahar) which indicates the high diversity of this isolate. The results of the genetic diversity and selection indices showed that the gene flow from Europe to Asia is very small and the genetic difference is high between them. The CP region is under severe pressure a negative choice, and has caused variation and evolution of the CVYV. Generally, based on the results, the most diversity molecular and host are in Asia group.