شناسایی و تعیین خصوصیات میکرو Rna‌های محافظت شده Coriandrum Sativum L.با استفاده از داده‌های توالی‌یابی نسل جدید

میکرو rna‌ها (mirnas) گروهی از مولکول‌های rna کوچک و غیر کدکننده‌ با طولی حدود 24-18 نوکلئوتید هستند که بیان ژن‌های هدف خود را در سطوح مختلف رونویسی و پس از رونویسی در گیاهان کنترل می‌کنند. میکرو rna‌ها در فرآیندهای مختلفی مانند رشد و نمو، فرآیندهای زیستی، تکثیر سلولی و پاسخ به تنش‌ها در گیاهان نقش مهمی بازی می‌کنند. گشنیز زراعی با نام علمی (coriandrum sativum l.) گیاهی از خانواده چتریان (apiaceae) است که دارای کاربردهای غذایی و دارویی مختلفی است. ژنوم این گیاه تاکنون توالی‌یابی نشده است و هیچ‌گونه گزارشی از شناسایی میکرو rna‌ها برای آن ثبت نشده است. مطالعه حاضر به‌منظور شناسایی میکرو rna‌های محافظت شده بالقوه و ژن‌های هدف آن‌ها در ترنسکریپتوم گیاه گشنیز صورت گرفت. ابتدا ترنسکریپتوم بافت‌های بذر و برگ این گیاه سرهم‌بندی شد و رونوشت‌های غیر کد‌کننده به پروتئین شناسایی و به‌عنوان توالی‌های کاندید پیش‌ساز میکرو rna در نظر گرفته شدند. در نهایت از بین توالی‌های کاندید سه میکرو rna با نام‌های csa-mir162، csa-mir169 و csa-mir399 متعلق به سه خانواده محافظت شده میکرو rna پس از اعمال فیلترهای سخت‌گیرانه شناسایی شد. میکرو rnaهای شناسایی شده دارای بیان متفاوتی در بافت‌های بذر و برگ بودند و نقش ژن‌های هدفشان در فرآیندهای مختلف زیستی نیز مورد تایید قرار گرفت. در مجموع با توجه به اینکه میکرو rnaهای شناسایی شده در مطالعه حاضر دارای نقش تنظیمی بر طیف وسیعی از شبکه‌های ژنی و فرآیندهای زیستی مختلف در گیاه گشنیز هستند، می‌توان از آن‌ها به‌عنوان ژن‌های کاندید در بهبود عملکرد کمی و کیفی و همچنین مقاومت به تنش‌های مختلف در این گیاه بهره برد.

Identification and characterization of conserved miRNAs of Coriandrum sativum L. using nextgeneration sequencing data

MicroRNAs (miRNAs) are a class of small and noncoding RNAs with length of 1824 nucleotides that control the expression of target genes at the transcriptional and posttranscriptional levels in plants. The miRNAs play an important role in different processes such as growth and development, cell proliferation and response to stresses in plants. Coriander or Coriandrum sativum L. is a plant of Apiaceae family with different nutritional and pharmaceutical applications. Up to now, the genome of this plant has not been sequenced and there is no report of miRNAs identification has been recorded for it. The present study was performed to identify the conserved miRNAs and their target genes in transcriptome of coriander plant. Firstly, Transcriptome of seed and leaf tissues was assembled and noncoding transcripts were identified and considered as miRNA precursor. Finally, among candidate sequences, three miRNAs named csamiR162, csamiR169 and csamiR399 belong to three conserved families were identified after strict filtering. Identified miRNAs showed differential expression between seed and leaf tissues and also role of their target genes in different biological processes was confirmed. In general, given the regulatory roles of identified miRNAs on broad spectrum of gene networks and biological processes of coriander plant in the present study, these miRNAs can be used as candidate genes to improve qualitative and quantitative yield and resistance to different stresses in this plant.