|
|
|
|
پیش‌بینی محاسباتی ژن های پاسخ دهنده به سرما در کلزا از طریق مقایسه ژنومی با گیاه مدل arabidopsis thaliana
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
ادریسی مریان خزر ,سمیع زاده لاهیجی حبیب الله ,حسنی حسن ,فرخی ناصر
|
|
منبع
|
زيست فناوري گياهان زراعي - 1397 - دوره : 8 - شماره : 24 - صفحه:29 -46
|
|
چکیده
|
سرما تنش مهمی است که تولید و پراکندگی جغرافیایی بسیاری از گیاهان زراعی از جمله کلزا به عنوان یک گیاه روغنی مهم را محدود می‌کند. در این مقاله عناصر سیس شناخته شده که تنظیم‌کننده پاسخ مولکولی گیاه به تنش سرما هستند، برای شناسایی ژن‌های دخیل در تحمل سرما استفاده شدند. از تعداد 62384 یونیژن از پایگاه داده brassica genome gateway، تعداد 56 عدد ژن مسئول سرما شناسایی شدند. برای اعتبارسنجی ژن‌های شناسایی شده آنالیز پروموتر، هستی‌شناسی، هم‌بیانی، برهمکنش پروتئین-پروتئین و آنالیز بیان ژن به صورت پیش‌بینی محاسباتی انجام شد. نتایج حاکی از حضور عناصر سیس معمول پاسخ به سرما در ناحیه پروموتر تمامی ژن‌های شناسایی شده بود که در مسیرهای مختلف زیستی مانند چرخه کالوین، تنفس سلولی و مسیرهای انتقال پیام در بخش‌های مختلف سلول قرار داشتند. بررسی هم‌بیانی ژن‌های شناسایی‌شده، اثر متقابل ژن‌ها را با همبستگی بالای 0.64 نشان داد. بررسی پروموتر، شبکه برهمکنش پروتئینپروتئین و بررسی فاکتورهای رونویسی دخیل در تنظیم رونویسی56 عدد ژن شناسایی شده و 98 عدد ژن هم‌بیان آن‌ها حاکی از سازوکار مولکولی و مسیرهای مشابه و مشترک پاسخ به تنش سرما در گیاه است و ژن‌های کاندید جهت بهره‌برداری در برنامه‌های اصلاحی و مهندسی ژنتیک کلزا را معرفی می‌کند.
|
|
کلیدواژه
|
آنالیز پروموتر، برهمکنش پروتئین-پروتئین، شبکه تنظیمی ژن های هم‌بیان، فاکتورهای رونویسی، هستی‌شناسی
|
|
آدرس
|
دانشگاه گیلان, دانشکده کشاورزی, ایران, دانشگاه گیلان, دانشکده کشاورزی, گروه بیوتکنولوژی, ایران, دانشگاه گیلان, دانشکده کشاورزی, ایران, دانشگاه شهید بهشتی, دانشکده علوم و فناوری زیستی, گروه زیست شناسی سلولی و مولکولی, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
In silico prediction of cold responsive genes in canola by comparative genomics using Arabidopsis thaliana
|
|
|
|
|
Authors
|
Edrisi Maryan Khazar ,Samizadeh Lahiji Habibollah ,Hasani Komeleh Hassan ,Farrokhi Naser
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|