توالی‌یابی بخشی از ژن فنیل‌آلانین آمونیالیاز (pal2) دخیل درمسیر سنتز آنتی اکسیدان‌ها و استفاده از آن‌ در فیلوژنی جنس‌های مهم زیرخانواده ‌-Anthemideae

بومادران، درمنه، بابونه، داوودی و مخلصه از جمله مهم‌ترین جنس‌هایی زیرخانواده anthemideae هستند که به دلیل داشتن ترکیبات فلاونوئیدها و آنتی‌اکسیدانی کاربردهای قابل توجهی در داروسازی دارند. فلاونوئیدها ترکیبات فنلی هستند که جزو آنتی‌اکسیدان‌های غیرآنزیمی طبقه‌بندی می‌شوند. فنیل‌آلانین آمونیا لیاز (pal) آنزیم کلیدی در مسیر سنتز فلاونوئیدها می‌باشد. برای شناسایی و تعیین توالی ژن pal2 ابتدا براساس همردیف‌سازی چندتایی توالی‌های جستجو شده برای گیاه مدل آرابیدوپسیس و سایر گیاهان در پایگاه داده‌های بانک ژن (ncbi)، انجام شد. آغازگرهای اختصاصی به صورت هرز براساس نواحی حفاظت شده در ناحیه ژنی و همچنین ناحیه فعال دومین پروتئین pal2 طراحی شد. آغازگرها در جنس‌های مذکور ناحیه‌ای به طول 700 جفت نوکلئوتید را تکثیر و سپس محصول pcr کلون و در ادامه تعیین توالی و در بانک ژن (ncbi) ثبت شدند. به منظور بررسی تنوع ژن pal2 بر اساس توالی نوکلئوتید‌ها (جایگزینی‌های همجنس transition و ناهمجنس transversion نوکلئوتید‌ها) در بین جنس‌های ذکر شده از نرم افزار mega ver 5.0 استفاده و درصد تنوع محاسبه شد. نتایج بیوانفورماتیک بررسی تنوع نشان دادند جنس‌های مذکور از نظر ژن pal2 به خوبی حفاظت شده می‌باشند و matricaria sp. و achillea sp. نزدیکترین جنس‌ها به یکدیگر و جنس‌هایartemisia sp. و chrysanthemum sp. دورترین جنس‌ها از یکدیگر محسوب می‌شوند.