شناسایی واریانت‌های مستقر ژن گیرنده استروژن 2 و ارتباط آن با صفت چندقلوزایی در دو رگ‌های میش‌های نژاد لری-بختیاری و قوچ‌های نژاد رومانوف

امروزه، صفت چندقلوزایی، ازجمله، صفات اقتصادی مهم در پرورش گوسفند می‌باشد که تاثیر مهم و کلیدی را بر بازده تولیدمثلی گله دارد. با این انگیزه تحقیقاتی، هدف از پژوهش حاضر، بهره‌وری از دو تکنیک مولکولی arms-pcr و pcr-sequencing، جهت شناسایی تنوع نوکلئوتیدی در جایگاه ژنی گیرنده استروژن 2 (esr2) مرتبط با صفت چندقلوزایی در آمیخته‌های نسل اول حاصل از تلاقی میش‌های نژاد لری-بختیاری و قوچ‌های نژاد رومانوف بود. در پژوهش حاضر، نمونه‌های خون از مجموع تعداد، 114 راس بره آمیخته نسل اول حاصل از تلاقی قوچ نژاد رومانوف و میش لری بختیاری اخذ گردید. سپس، تکثیر ناحیه‌ای 500 جفت باز نوکلئوتیدی از ژن esr2 توسط واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز، دو روش مولکولی  arms-pcrو توالی‌یابی مستقیم سانگر انجام و نتایج ژنوتیپ ثبت شد. متعاقباً، با استفاده از نرم‌افزارهایی از قبیل پاپ ژن،finchtv  و mafft فراوانی ژنوتیپی و آللی و هم‌ردیفی توالی‌های مورد تکثیر انجام شد. در انجام این تحقیق، برای اولین بار، دو جفت آغازگر اختصاصی برای تکثیر دو ناحیه با همپوشانی زیاد طراحی شد و پس از تکثیر و مشاهده دو باند اختصاصی 500 و 300 جفت بازی، باندهای بزرگ‌تر توالی یابی شدند. نتایج توالی‌یابی با استفاده از نرم‌افزار mafft  هم‌ردیف شدند و حضور جهش نوکلئوتیدی بررسی مجدد شد. این جهش نوکلئوتیدی از نوع: g.73383249t> c در ناحیه واریانت بین ژنی ژن esr2  بود که در آن آلل وحشی t و آلل جهش‌یافته c ازنظر ژنتیکی با چندقلوزایی گزارش‌شده در مقالات پیشین، مرتبط هستند. در مجموع، مشاهدات انجام‌یافته نشان دارد که فراوانی‌های ژنوتیپ‌های، tt و tc به‌ترتیب برابر 0.74 و 0.26 بودند (مشاهده دو ژنوتیپ). علاوه بر این، ارتباط آماری معنی‌داری بین صفت چندقلوزایی و ژنوتیپ وجود داشت (0.001>p)، به‌طوری که اثر جایگزینی افزایشی آللی آلل c به‌جای آلل t برابر (0.0771) 0.904 بود (0.001>p). به‌عنوان نتیجه‌گیری نهایی، استفاده از این نشانگر ژنتیکی در پیش انتخاب قوچ رومانوف که حامل آلل cc مرتبط با چندقلوزایی باشد یکی از عواملی است که می‌تواند دامداران را برای افزایش درآمد ناشی از تعداد بره به ازای هر زایش کمک کند.

identification of estrogen receptor 2 gene variants and its association with littersize in lori bakhtiari ewes × romanov rams crossbred

litter size is a key economic trait in sheep, significantly influencing the reproductive efficiency of flocks. this study aimed to refine the genetic understanding of the esr2 gene using a combination of arms-pcr and pcr-sequencing methods in a cross between lori bakhtiari ewes and romanov rams. the primary objective was to identify beneficial mutations in the esr2 gene associated with litter size in these crossbred lambs. a total of 114 whole blood samples were collected from the crossbred population. the study was conducted in two phases. initially, a 500-bp region of the esr2 gene was amplified via pcr, followed by molecular analysis using arms-pcr and direct sequencing according to standard laboratory protocols. genotypic and allelic frequencies were analyzed using software tools such as popgene, finchtv, and mafft to confirm the presence of mutations and assess alignment consistency. for the first time, two specific primer sets were designed to amplify overlapping regions of the esr2 gene. two distinct bands (500 bp and 300 bp) were successfully observed, and the larger band was sequenced. sequencing data were aligned using mafft software, confirming the presence of a nucleotide mutation, g.73383249t>c, in the intergenic variant region of the esr2 gene. this mutation involves a transition from the wild-type t allele to the mutant c allele, previously associated with litter size in sheep. the study achieved two major outcomes: (1) the successful conversion of a gwas-reported marker into a simple pcr-sequencing marker and (2) the development of specific primers enabling the detection of the mutation without the need for pcr sequencing. genotypic analysis revealed frequencies of 0.74 for the tt genotype and 0.26 for the tc genotype. a significant association was found between genotype and multiple births (p < 0.001). the additive substitution effect of the c allele for the t allele on litter size was estimated at 0.904 ± 0.0771 (p < 0.001). in conclusion, the use of this marker for pre-selection of romanov rams carrying the cc allele associated with increased litter size represents a practical strategy for improving reproductive performance in sheep. this approach could help farmers increase economic returns by enhancing lambing rates.