پویش ژنومی صفات مرتبط با تولید و ترکیبات شیر گوسفند - ارزیابی مقایسه ای رویکردهای تک مرحله ای وزن دهی شده با تک مرحله ای بیزی

در پرورش گوسفند هدف اصلی افزایش سودآوری است بیماری ورم پستان یکی از مشکلات اصلی پرورش گوسفندان شیری با کاهش طول عمر اقتصادی و افزایش هزینه ها است. هدف پژوهش حاضر، بررسی معماری ژنتیکی و مقایسه میزان واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده در روش تک مرحله ای وزن دهی شده (wssgwas و روش تک مرحله ای بیز ss-bayes b برای صفات مرتبط با تولید و ترکیبات شیر و تعداد سلولهای بدنی در گوسفند میباشد میزان واریانس ژنتیکی توجیه شده هر یک از snpها توسط هر کدام از رویکردها به ترتیب با استفاده از نرم افزار blupf90 و jwas در قالب پنجره های ژنومی 1 مگابازی محاسبه شد. نتایج این پژوهش نشان داد روش wssgwas از نظر میزان واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده در مقایسه با روش ss- bayesb عملکرد بهتری .داشت پنجره های ژنومی شناسایی شده حاصل از این رویکرد روی کروموزومهای 1، 2، 3، 4، 6، 9 و 25 قرار داشتند و داخل یا نزدیک به 48 ژنهای کاندیدای مکانی مرتبط با صفات قرار گرفته بودند و از این بین ژنهای کاندیدا عملکردهای مهمی در تولید شیر متابولیسم لیپید و سنتز اسیدهای چرب سنتز اسیدهای آمینه متابولیسم انرژی و ایجاد پاسخ ایمنی بر عهده داشتند نتایج تحقیق حاضر نشان میدهد هنگامی که معماری صفات بررسی شده از مدل تعداد زیاد جایگاه ژنی پیروی کند معمولاً روش wssgwas بر ss-bayesb ارجحیت دارد. علاوه بر این با توجه به نقش کلیدی ژنهای ذکر شده در ایجاد پاسخ ایمنی و تولید شیر میتوان کارایی روش wssgwas را برای پویش ژنومی صفات مرتبط با تولید شیر گوسفند را مورد تاییدقرار داد.

genome-wide association study for milk production and composition traits in sheep- comparative evaluation single-step bayesb and weighted single-step genome-wide association study methods

in this study, the effect of dietary corn replacement with oak acorn on the expression of pancreatic chymotrypsin gene in broilers was investigated. the use of oak acorn in poultry feed can reduce feed intake, nutrient digestion and poultry performance by binding to dietary proteins and digestive enzymes. therefore, the aim of this study was to evaluate the expression of pancreatic chymotrypsin gene in broilers fed with different levels of oak acorn. for this purpose, broilers were fed with three treatments (control, 15% and 20% oak flour) from 1 to 42 days of age. at 21 and 42 days of age, pancreatic tissue was isolated and weighed from 36 chickens (6 from each treatment at each age) after slaughter and then total rna was extracted. to evaluate gene expression, chymotrypsin gene expression was compared with beta-actin gene as reference gene. to analysis of gene expression data, rest v2.0.13 software and sas 9.1 software were used. at 21 days of age, no significant difference was observed in relative weight of pancreas between different treatments (p> 0.05), while at 42 days of age, relative weight of pancreas in 20% oak acorn treatment was significantly higher in compared to 15% oak acorn and control treatments (p <0.05). at 21 days of age, expression of chymotrypsin gene in broiler pancreas was not significantly different between treatments containing oak acorn compared to control, while on day 42, expression of chymotrypsin gene was significantly higher in treatments containing 15% and 20% oak acorn in relation to the control group (p <0.05). in general, increasing the level of oak acorn in the broilers diet due to the increase of phenolic compounds (tannins) and their binding to dietary proteins and digestive enzymes can reduce the digestion and absorption of proteins and amino acids and increased expression of protein digestive enzymes in the gastrointestinal tract.