بررسی بیوانفورماتیکی و شناسایی نقش osa-mir164 در پاسخ به تنش غیر زیستی در برنج

Microrna (mirna) گروه بزرگی از rna‌های کوچک و غیر‌‌کد‌کننده (~ 22 نوکلئوتید) هستند که در تنظیم پسا‌رونویسی بیان ژن به‌‌صورت برش mrna هدف و یا مهار ترجمه نقش دارند. مطالعات نشان داده‌‌اند که mirna‌ها نقش مهمی در افزایش تحمل گیاهان به شرایط نامطلوب محیطی دارند. در این مطالعه خانواده mir164 در برنج (oryza sativa)، مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیک، توالی‌ کلیه osa-mir164 متعلق به خانواده mir164 برنج تجزیه و تحلیل شده، و پروفایل بیانی osa-mir164 تحت شرایط تنش‌های غیر‌زیستی مختلف ارزیابی شد. سپس عناصر تنظیمی سیس بر روی پیشبر‌های ژن osa-mir164 پیش‌بینی شده و به‌طور همزمان ژن‌های هدف mir164 و عملکرد آن‌ها شناسایی شد. نتایج این مطالعه نشان‌ می‌دهد نقاط حفاظتی زیادی در توالی‌های osa-mir164 بالغ وجود دارد که در توالی‌های پیش‌ساز دیده نمی‌شود. بنابراین الگوهای بیانی متفاوت اعضای خانواده ژنی osa-mir164 تحت شرایط تنش و عناصر تنظیمی متعدد سیس موجود در پیشبرهای ژن osa-mir164 ممکن است توضیحی برای الگوی بیانی متنوع osa-mir164 باشد. در این تحقیق برخی از ژن‌های هدف بالقوه osa-mir164 شناسایی و بیان آن‌ها در شرایط تنش‌های مختلف مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در مجموع یافته‌های این پژوهش منبع با ارزشی برای شناسایی و ارزیابی بیشتر میان کنش بین ژن‌های هدف خانواده osa-mir164 در پاسخ به تنش‌های غیر زیستی فراهم می‌کند.  

in silico identification of osa-mir164 role in response to abiotic stress in rice

micrornas (mirna) are small (22 nucleotide) non-coding rna molecules that post-transcriptionally regulate gene expression. previous research has shown that mirna plays an essential role in plant tolerance to adverse environmental conditions. in our study, we focused on the mir164 family in rice (oryza sativa), an important food crop. we used a bioinformatics approach to analyze the sequences of all osa-mir164 of the mir164 family of rice, evaluate the expression profile of osa-mir164 under different stress conditions, predict cis-regulatory elements at the promoters of osa-mir164 genes, and simultaneously predict the mir164-targeted genes and their expressions. the results showed that the mature osa-mir164 sequences are highly conserved, but the precursor sequences are highly variable. the variation in the precursor sequences of osa-mir164 genes resulted in different expressions under stress conditions. in addition, different cis-regulatory elements in the promoter sequences of osa-mir164 genes could explain the different expression patterns of osa-mir164 genes. some possible osa-mir164 target genes were discovered and their expression were studied under different stress conditions. overall, the results of this study provided a valuable resource for further identification and evaluation of the interaction between osa-mir164 family target genes in response to abiotic stress.