شبکه های mirna-mrna در کارسینوم سلول کبدی: یک رویکرد بیوانفورماتیکی

کارسینوم سلول کبدی (هپاتوسلولار کارسینوما) شایع‌ترین بدخیمی اولیه کبدی و یکی از علل اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان است. پژوهش‌های گوناگون تایید کننده این مطلب است که برهمکنش microrna‌ها و mrna‌ها نقش مهمی در شروع و پیشرفت هپاتوسلولار کارسینوما دارند. از این‌رو برای درک بهتر شبکه برهمکنش mirna-mrna، ابتدا داده‌های بیان ژن حاصل از آزمایش ریز آرایه مربوط به بافت کبد (gse number: gse39791) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در نهایت 6 ژن افزایش بیان یافته و 62 ژن کاهش بیان یافته با استفاده از بسته نرم‌افزاری limma در محیط r شناسایی شد. پس از آنالیز لیست ژن‌های معنی‌دار (mrnas) در دیتابیس mirnet بر مبنای بافت کبدی؛ تعداد 56 میکرو rna به‌عنوان عوامل برهمکنش کننده یا تارگت‌کننده mrna‌هایِ معنی‌دار یافت شد که در نهایت شبکه mirna-mrna به‌وسیله نرم‌افزار cytoscape رسم ‌شد. آنالیز مسیرها و فرآیندهای بیولوژیکی mrna‌هایِ معنی‌دار با بسته‌های نرم‌افزاری clusterprofiler و goplot نشان داد که مسیرهای متابولیسم رتینول، متابولیسم دارو و کارسینوژن‌های شیمیایی از همه معنی‌دارتر بودند. اما؛ سم‌زدایی از ترکیبات غیرآلی، فرآیند متابولیسم رتینول و فرآیند متابولیسم ترپنوئید شاخص‌ترین فرآیندهای بیولوژیکی بودند. بررسی مسیرهای سیگنالینگ نشان داد که مسیر متابولیک به‌عنوان یک نشانگر زیستی مهم در این نوع سرطان دستگاه گوارش بوده که ممکن است در پاتوژنز نقش داشته باشد. به‌طور خلاصه، بررسی حاضر شواهدی ارائه می‌دهد که می‌تواند در پیش ‌آگهی تومورهای کبد در آینده موثر باشد.

the mirna-mrna networks in hepatocellular carcinoma: a bioinformatics approach

hepatocellular carcinoma (hcc) is the most common primary liver malignancy and is a leading cause of cancer-related death worldwide. many studies confirm that the interaction between micrornas and mrnas plays an important role in the incipience and progression of hcc. accordingly, to better appreciate the mirna-mrna interaction, gene expression data from liver tissue (gse39791) was analyzed. finally, six up-regulated and 62 down-regulated genes were identified using the limma package in r. after that, significant mrnas were analyzed by the mirnet database based on liver tissue; significant interactions of 56 micrornas were found that targeted mrnas, mirna-mrna network was visualized by cytoscape software. pathways analysis and biological processes of significant mrnas with clusterprofiler and goplot packages showed that the retinol metabolism, drug metabolism and chemical carcinogens pathways were the most significantly affected in hcc. but, the detoxification of inorganic compounds, retinol metabolism and terpenoid metabolism were the most meaningful in biological processes. examination of signalling pathways revealed that the metabolic pathway is a critical biomarker in both of these two types of gastrointestinal cancer, which may serve a role in the pathogenesis. examination of signaling pathways revealed that, the metabolic pathway as a critical biomarker in both of these two types of gastrointestinal cancer, which may serve a role in the pathogenesis. in summary, the present survey provided evidence that could support the prognosis of liver tumors in the future.