مطالعه چند شکلی در ژن atp1a1 و ارتباط آن با صفت نرخ باروری درگاوهای هلشتاین و سرابی

هدف از این تحقیق، مطالعه چند شکلی در ژن atp1a1 و ارتباط آن با صفت نرخ باروری در گاوهای هلشتاین و سرابی بود. به این منظور از 124 راس گاو شیرده شامل 72 راس هلشتاین و 52 راس گاو سرابی خون گیری انجام شد. استخراج dna با استفاده از روش بهینه یافته نمکی انجام پذیرفت. کمیت و کیفیت dnaهای استخراجی با استفاده از الکتروفورز و اسپکتروفتومتری صورت پذیرفت. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر قطعه 330 جفت‌بازی از ناحیه مذبور انجام گرفت و برای شناسایی چندشکلی در ناحیه مذکور از روش تفاوت فرم فضایی رشته‌های منفرد (sscp) استفاده شد. در نهایت جهت شناسایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی (snp) از هر الگوی باندی متفاوت چند نمونه جهت توالی‌یابی ارسال شد. نتایج حاصل از توالی‌یابی و هم‌ردیف‌سازی با توالی ثبت شده در ncbi نشان داد که در این ناحیه دو snp وجود دارد که یکی از این جهش‌ها در ناحیه اینترون و دیگری در ناحیه اگزون اتفاق افتاده است و جهش اتفاق افتاده در ناحیه اگزون تغییری در اسید‌آمینه و پروتئین حاصل از این ژن ایجاد نمی‌کند. برای بررسی ارتباط بین این جایگاه‌ها با صفت نرخ باروری الگوهای باندی (هاپلوتایپ) در مدل قرار گرفت که نشان داد بین هاپلوتایپ‌های مشاهده شده و صفت نرخ باروری ارتباط معنی‌داری وجود ندارد.

study of polymorphism in the atp1a1 gene and its association with conception rate in holstein and sarabi breeds

the objective of this study was the detection of polymorphism in atp1a1 gene and its association with conception rates in holstein and sarabi cows by pcr-sscp method. for this purpose, blood samples were taken from 124 cows. dna was extracted from whole blood using modified salting-out method and polymerase chain reactions were performed for amplification of 330bp fragment of the bovine atp1a1gene. the polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (pcr-sscp) method was used to scan for the mutations within the amplified regions. subsequently, a numbers of samples per each band pattern were sequenced for identification of single nucleotide polymorphism (snp). the results of the sequencing and alignment using available sequences in ncbi two snps in the atp1a1 gene that one of those was located in exon14 and another one in intron14 area and the mutation located in exon area was along with no changes in amino acid and obtained protein of this gene. for evaluating of association between this locations and conception rate trait, the band pattern (haplotype) were considered in the model. the results showed that the observed haplotypes in the atp1a1 gene is not significantly correlated with conception rate.