تهیه نقشه ژنتیکی اشباع جمعیت لاین‌های اینبرد نوترکیب گندم نان بهاره با استفاده از روش ارزیابی ژنوتیپی با توالی‌یابی (genotyping by sequencing)

نقشه‌های ژنتیکی اشباع لازمه مکان‌یابی دقیق مکان های ژنی کنترل کننده صفات کمی می باشند. در این مطالعه، نقشه ژنتیکی اشباع جمعیت لاین های اینبرد نوترکیب گندم نان بهاره حاصل از تلاقی رقم yecora rojo و ژنوتیپ بومی no. 49 با استفاده از روش ارزیابی ژنوتیپی با توالی یابی (gbs) تهیه شد. برای شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (snps)، توالی‌یابی والدین و لاین های اینبرد نوترکیب به‌صورت تکرار دار در سه لاین دستگاه ایلومینا illumina hiseq 2500 انجام شد. در مجموع، بیش از 36 هزار snp شناسایی شد که 804 snp به هیچ گروه کروموزومی منتسب نشد. از این تعداد snp، 3042 به زیرژنوم a، 3977 به زیرژنوم b و 769 snp به زیرژنوم d تعلق داشتند. پس از حذف snpهایی با داده گمشده بیش از 20 درصد، فراوانی آلل نادر کمتر از 5 درصد و نیز دارای انحراف تفرق از نسبت‌ مندلی 1:1، تعداد 5831 نشانگر snp شناسایی و به 21 کروموزوم گندم منتسب شد. این نشانگرها، 3642.14 سانتی‌مورگان از ژنوم گندم را با متوسط فاصله 0.62 سانتی‌مورگان بین دو نشانگر مجاور پوشش دادند.

construction of high density linkage map in spring bread wheat recombinant inbred lines using genotyping by sequencing (gbs) method

high density linkage maps are essential for precise mapping of gene loci controlling quantitative traits. in the present study, a high density linkage map of spring wheat recombinant inbred lines population derived from a cross between yecora rojo and no. 49 was constructed using genotyping by sequencing (gbs) method. to identify single nucleotide polymorphisms (snps), sequencing of parents and recombinant inbred lines was carried out at three lanes of illumina hiseq 2500. in total, more than 36 thousand snp were identified of which 804 snps were not aligned to any wheat chromosome. among these snps, 3042, 3977 and 769 snps were belonged to a, b and d sub genomes, respectively. after removing snps with ≥20% missing data and minimum allele frequency ≤0.05 as well as loci segregating from 1:1 mendelian ratio, in total 5831 polymorphic snps identified and assigned to 21 chromosomes of wheat. these markers spanned 3642.14 cm of the wheat genome with an average marker density of 0.62 (markers/cm).