تشخیص ویروس‌ها و ویروئیدهای بیماری زای گیاهی به کمک فناوری توالی یابی با توان بالا

ویروس‌های گیاهی باعث بسیاری از بیماری‌های مهم می‌شوند و مسئول کاهش عملکرد و کیفیت محصول در سراسر جهان هستند. شناسایی سریع و دقیق ویروس‌ها در یک نمونه برای سرویس‌های بازرسی،  قرنطینه و مدیریت بیماری مطلوب است. به‌تازگی، تکنیک‌های تعیین توالی نسل بعد (ngs) که نمایانگر یک رویکرد انعطاف‌پذیر در ردیابی پاتوژن گیاهی است، توسعه یافته است. از سال 2009، تکنیک‌های ngs در برخی نواحی ویروس شناسی گیاهی متشکل از توالی‌یابی ژنوم ویروس یا ویروئید، ردیابی و شناسایی، اکولوژی و اپیدمیولوژی آغاز به‌کار کرده است. تکنیک‌های ngs سریع، بسیار کارآمد و کم هزینه هستند و امکان توالی‌یابی چندین گیگابایت داده را در چند ساعت فراهم می‌سازند. در واقع، یک رویکرد عمومی برای شناسایی ویروس یا ویروئید است که نیازی به شناخت قبلی از میزبان یا ویروس ندارد. تنها با تعیین توالی کل آر.ان.ای‌های کوچک در یک اجرای ngs، شناسایی ویروس‌های دارای دی.ان.ای یا آر.ان.ای و ویروئیدها امکان‌پذیر می‌شود. در این مقاله، به پیشرفت‌های اخیر در به‌کارگیری تکنیک‌های ngs برای تشخیص ویروس‌ها و ویروئیدها در میزبانان آن‌ها پرداخته شده است.

detection of plant pathogenic viruses and viroids using high throughput sequencing technology

plant viruses cause many important diseases and are responsible for reducing crop yield and quality throughout the world. fast and accurate identification of viruses in a sample is desirable for inspection, quarantine services and disease management. recently, next-generation sequencing (ngs) techniques have been developed that represent a flexible approach to plant pathogen detection. since 2009, ngs techniques have begun to apply in some areas of plant virology consisting of virus/viroid genome sequencing, detection, and discovery, ecology, and epidemiology. the ngs techniques are rapid, highly efficient, and low cost, and allow the sequencing of many data gigabases in a few hours. it’s a generic approach to virus/viroid identification that requires no prior knowledge of the host or virus. only by sequencing of total small rnas in an ngs run, identification of dna/rna containing viruses and viroids are possible. this article reviews the rapid and recent achievement in the applying of ngs techniques for the diagnosis of viruses and viroids in their hosts.