بررسی تنوع مولکولی در لاین های اصلاحی گندم دوروم با استفاده از نشانگرهای Scot

ارزیابی تنوع ژنتیکی در یک منبع ژرم‌پلاسمی به انتخاب موثر ژنوتیپ‌ها کمک نموده و زمان فرآیند به نژادی را کوتاه می نماید. تنوع ژنتیکی نقش بسیار مهمی در کاهش آسیب‌پذیری ژنتیکی در هنگام اصلاح گیاهان دارد. در مطالعه‌ی حاضر، 96 لاین اصلاحی گندم دوروم برای ارزیابی تنوع ژنتیکی با استفاده از 12 آغازگر scot مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که آغازگرهایscot ، در مجموع 76 باند چند شکل با متوسط 5.42 باند به ازای هر آغازگر در جمعیت مورد بررسی تکثیر نمودند. میانگین مقادیر شاخص نشانگر (mi) و محتوای اطلاعات چندشکلی (pic) برای آغازگرهای scot به‌ترتیب 0.46 و 2.51 به‌دست آمد و نشان داد که نشانگرهای scot از کارایی بالایی در شناسایی تنوع ژنتیکی در ژرم پلاسم گندم دوروم برخوردارند. برآورد تعداد آلل های مشاهده شده (na)، آلل موثر (ne)، شاخص شانون (i) و میزان هتروزیگوسیتی (h) نشان داد که لاین‌های با منشاء icarda در مقایسه با لاین‌های با منشاء cimmyt از میزان تنوع ژنتیکی بیش‌تری برخوردارند. گروه‌بندی لاین های مورد بررسی با استفاده از روش تجزیه خوشه ای بر اساس ماتریس تشابه جاکارد و الگوریتم joiningneighbor لاین‌های مورد بررسی را تا حد زیادی بر اساس منشاء آن‌ها دسته بندی نمود. این نتایج نشان داد که تنوع ژنتیکی نسبتاً بالایی در لاین های مورد مطالعه وجود داشته و نشانگرهای scot ابزاری مناسب برای مطالعه تنوع ژنتیکی در ژرم پلاسم گندم دوروم هستند.

Evaluation of molecular diversity in breeding lines of durum wheat using SCoT markers

Evaluation of genetic diversity in a gene pool contributes to the effective conservation of genetic resources and truncates the breeding programs time. Genetic diversity plays a very important role in reducing genetic vulnerability during breeding process. In the present study, genetic diversity of 96 durum wheat genotypes were evaluated using 12 SCoT primers. Our results revealed that the SCoT primers generated 76 polymorphic bands, with an average of 5.42 fragments per primer. The values of marker index (MI) and polymorphism information content (PIC) indicated that SCoT markers were efficient for detection of genetic diversity in durum wheat germplasm. The average of PIC and MI values for the SCoTmarkers were 0.46 and 2.51, respectively. According to Shannon rsquo;s index (I), Nei rsquo;s genetic diversity (He), the observed (Na) and effective (Ne) number of alleles, the ICARDA population showed a higher level of genetic diversity than the CIMMYT population. Neighborjoining clustering method was used to generate a dendrogram and a large number of genotypes were classified in different groups, based on their origins. The result of the principal coordinate analysis (PCoA) was in good agreement with those obtainedfrom the neighborjoining clustering. These results revealed a desirable genetic diversity among the investigated lines and confirmed that the SCoT technique is a suitable tool for studying genetic diversity in durum wheat germplasm.