آنالیز ژنتیکی و فیلوژنتیکی ناحیه‌ی hvr1 میتوکندری در سه نژاد گوسفند ایرانی

هدف از انجام این پژوهش توالی یابی ناحیه بسیار متغیر d loop میتوکندری (hvr1) در سه نژاد گوسفند ایرانی (لری، لری بختیاری و عربی) به‌منظور بررسی تنوع ژنتیکی و فیلوژنتیکی بین نژادهای مذکور و هم‌چنین بررسی ارتباط مادری این نژادها با سایر نژادهای جهانی بود. آنالیز فیلوژنیک با استفاده از یک قطعه 623 نوکلئوتیدی نواحی بسیار متغیر d loop میتوکندری (hvr1) از 33 راس گوسفند بومی خوزستان (شامل 12 راس گوسفند عربی، 11 راس گوسفند لری و 10 راس گوسفند لری بختیاری) انجام شد. پس از استخراج dna، ناحیه hvr1 میتوکندری با استفاده از pcr تکثیر شد. سپس محصولات pcr توالی‌یابی و آنالیز نتایج با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی انجام گرفت. درخت فیلوژنتیک نشان داد که نژاد لری و عربی متعلق به گروه هاپلوتایپی b و نژاد لری بختیاری متعلق به گروه هاپلوتایپی a می‌باشند که این موضوع می‌تواند به‌دلیل متفاوت بودن خاستگاه زیستی این نژادها باشد. جدول تجزیه واریانس مولکولی تنوع بین جمعیتی را 4 درصد و تنوع درون جمعیتی را 96 درصد محاسبه نمود. هم‌چنین، بیش‌ترین و کم‌ترین تنوع هاپلوتیپی در نژاد عربی و لری به‌ترتیب 0.95 و 0.61 محاسبه شد. بعلاوه، مقدارfst محاسبه شده شان داد که بین گوسفند لری و لری بختیاری بیش‌تر (0.146) و بین نژاد عربی و لری کم‌تر (0.009 ) تفاوت ژنتیکی وجود دارد. نتایج نشان‌دهنده وجود تنوع بالا در این نژادهاست و این موضوع می‌تواند در اصلاح نژاد و پرورش این دام‌ها تاثیر‌گذار باشد.

Genetic and phylogenetic analysis of mitochondrial HVR1 region in three breeds of Iranian sheep

The aim of this research was to sequence mitochondrial hypervariable region 1 (HVR1) in three Iranian sheep breeds (Lori, Lori Bakhtiari and Arabic) in order to explore the genetic and phylogenetic diversity of these breeds and also to investigate the maternal association of these breeds with other global breeds. Phylogenetic analysis was carried out using hypervariable region 1 (623 base pair) obtained from 33 animals (12 Arabic, 11 Lori and 10 Lori Bakhtiari breeds) from different parts of the Khuzestan province. After DNA extraction, the HVR1 region was amplified using PCR method. Then, PCR products were sequenced and analyzed using bioinformatics softwares. The phylogenetic tree pattern showed that the Lori and Arabic breeds belong to the haplotype group B and the Lori Bakhtiari breeds belonging to the haplotype group A, which could be due to the different biological origin of these breeds. Analysis of molecular variance (AMOVA) revealed 94% of the genetic variation existing among populations and 4% within populations. Also, the highest and lowest average haplotype diversity for Arabic and Lori breeds were calculated to be 0.95 and 0.61 respectively. Moreover, the calculated FST value indicated that there was a maximum genetic variation between the Lori and LoriBakhtiari sheep (0.146) and minimal genetic variation between the Arabic and Lari breeds (0.009). These results indicate highdivergence status of the three Iranian sheep breeds (Lori, Lori Bakhtiari and Arabic) and will influence breeding and conservation strategies adopted for these breeds