ارزیابی تنوع ژنتیکی جمعیت‌های آژیلوپس واجد ژنوم d با استفاده از نشانگرهای scot و trap

اهداف اصلی این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی موجود در 53 توده آژیلوپس متعلق به سه گونه aegilops tauschii، ae. cylindrica و ae. crassa و همچنین مقایسه کارایی دو نشانگر مولکولی scot (start codon targeted) و (target region amplification polymorphism) trap بود. در مجموع 15 آغازگر scot و شش جفت آغازگر trap به‌ترتیب 165 و 201 قطعه چند شکل تکثیر کردند. متوسط شاخص‌های تعداد قطعات چندشکل تکثیری، شاخص نشانگری و قدرت تمایز آغازگر برای آغازگرهای trap بیشتر از scot بود. با این حال متوسط شاخص محتوای اطلاعات چندشکل در آغازگرهای scot بیشتر از trap بود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی (amova) انجام شده بر اساس هر یک از سیستم های نشانگری متفاوت از هم بود به‌طوری‌که بر اساس داده های scot بیشترین سهم تنوع ژنتیکی مربوط به تنوع درون گونه ای بود و بر عکس داده های trap بیشترین میزان تنوع ژنتیکی را در بین گونه ها نشان دادند. آغازگرهای scot نسبت به trap مقادیر بالاتری برای کلیه پارامترهای ژنتیکی نشان دادند و بر اساس آغازگرهای scot و trap بیشترین مقادیر پارامترهای ژنتیکی به‌ترتیب در گونه ae. cylindrica وae. tauschii مشاهده شد. تجزیه خوشه ای بر اساس هر یک از سیستم های نشانگری و هم‌چنین ترکیب داد های حاصل از هر دو نشانگر کلیه توده های مورد بررسی را درسه گروه اصلی تفکیک نمود. الگوی گروه بندی به وجود آمده بر اساس آغازگرهای scot نسبت به trap واضح‌تر بود. از این‌رو استفاده از نشانگرهای scot در بررسی ساختار جمعیت و گروه بندی توده های مختلف و استفاده از نشانگرهای trap در اشباع نقشه های ژنتیکی توصیه می شود.

Evaluation of genetic diversity in Aegilops populations possessing D genome using SCoT and TRAP markers

The main objectives of this study were to evaluate the genetic diversity in 53 Aegilops accessions belonging to Aegilops tauschii, Ae. cylindrica and Ae. crassa as well as comparison of the efficiency of start codon targeted (SCoT) and targeted region amplification polymorphism (TRAP) markers. A total of 15 SCoT and six TRAP primer pairs amplified 165 and 201 polymorphic bands, respectively. TRAP primers indicated higher values for the number of polymorphic bands, marker index and resolving power compared to SCoT primers. However, SCoT primers showed the higher PIC value than TRAPs. The results of molecular variance analysis (AMOVA) were different for each of the marker systems, so that SCoT markers showed the highest portion of genetic variance referred to intraspecies, while based on TRAP markers the highest variance was observed interspecies. SCoT markers indicated the highest values for all genetic parameters compared to TRAPs and Ae. cylindrica and Ae. tauschii exhibited the highest genetic variation based on SCoTs and TRAPs, respectively. Cluster analysis based on each marker systems as well as the pooled data classified all accessions into three main groups. The clustering pattern based on SCoT primers was clearer than TRAPs. Hence, the use of SCoT markers is recommended for population genetic structure analysis and grouping of them, while the use of TRAPs can be recommended for fine mapping studies.