آنالیز توالی نوکلئوتیدی ژن ریبونوکلئاز پانکراتیک (rnase a) در گوسفندان نژاد بلوچی و وحشی اوریال

مطالعه حاضر با هدف بررسی تنوع نوکلئوتیدی و آنالیز فیلوژنتیکی ژن ریبونوکلئاز پانکراسی در دو گونه متفاوت، گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال انجام گرفت. نمونه خون گوسفند نژاد بلوچی از مرکز اصلاح نژاد عباس‌آباد مشهد و نمونه خون گوسفند وحشی اوریال از اداره محیط زیست استان خراسان رضوی جمع‌آوری شد. قطعه ژنی طولانی 4347 جفت‌بازی ژن ریبونوکلئاز پانکراسی با استفاده از 7 جفت پرایمر که به‌صورت هم پوشان طراحی شده بودند، تکثیر و توالی‌یابی شد. نتایج مقایسه توالی ژن ریبونوکلئاز پانکراتیک 4347 جفت‌بازی به‌دست آمده از هر دو گونه گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال، 10 تفاوت نوکلئوتیدی را با میزان تشابه 99.78 درصد نشان داد. همچنین نتایج مقایسه توالی ژن ریبونوکلئاز پانکراسی مرجع گوسفند (نژاد رامبوییه با شماره دسترسی xm_004010384) با گوسفند وحشی اوریال 18 تفاوت نوکلئوتیدی با میزان تشابه 99.61 درصد و با گوسفند نژاد بلوچی 10 تفاوت نوکلئوتیدی با میزان تشابه 99.78 درصد را نشان دادند. نتایج مطالعه حاضر تائید می‌کند، اگرچه توالی کد‌کننده آنزیم ریبونوکلئاز پانکراسی دو گونه بلوچی و اوریال و توالی ژن مرجع در پایگاه داده ncbi کاملا با یکدیگر مشابه هستند، اما توالی‌های نوکلئوتیدی بالادستی و پایین دستی این ژن دارای 10 تفاوت نوکلئوتیدی با یکدیگر و دارای 18 تفاوت نوکلئوتیدی با توالی ژن مرجع می‌باشند. نتایج حاصل از ماتریس فواصل ژنتیکی و درخت فیلوژنتیک توالی‌های مربوط به گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال بدست آمده در این مطالعه با سایر توالی های ثبت شده از ژن ریبونوکلئاز پانکراسی در پایگاه داده ncbi تائید می‌کند که هر دو گونه گوسفند نژاد بلوچی و گوسفند وحشی اوریال با توالی ثبت شده برای ژنوم مرجع گوسفند و همراه توالی ژنی ریبونوکلئاز پانکراس ثبت شده برای گونه بز در یک کلاد قرار گرفته‌اند.

Nucleotide sequence analysis of pancreatic ribonuclease (RNase A) gene in Baluchi and Urial wild sheep

The aim of this study was to investigate the nucleotide diversity and the phylogenetic analysis of pancreatic ribonuclease gene in two different species, Baluchi and Urial sheep. Baluchi sheep blood samples were collected from Abbas Abad Animal Breeding Center, Mashhad and Urial sheep blood samples were collected from Khorasan Razavi Environmental Department. The 4347 bp pancreatic ribonuclease gene was amplified and sequenced using seven primer pairs that were designed to overlap each other. Comparison of 4347 bp pancreatic ribonuclease gene sequences obtained from both Baluchi and Urial sheep strains showed 10 nucleotide differences with 99.78% similarity. Also results of comparison of pancreatic ribonuclease gene from the sheep reference genome (Accession number of XM_004010384) with Urial sheep and Baluchi showed differences in 18 nucleotides with 99.61% similarity and 10 nucleotides with 99.78% similarity, respectively. The results of the present study confirmed that although the pancreatic ribonuclease coding enzyme sequences of the two species, Baluchi and Urial and the reference gene sequences from the NCBI database are completely similar, but the upstream and downstream nucleotide sequences of this gene have 10 nucleotide differences with each other. There are 18 nucleotide differences with the sheep reference sequence. Results of genetic interval matrix and phylogenetic tree sequences of Baluchi sheep and Urial sheep obtained in this study with other gene sequences registered from pancreatic ribonuclease in the NCBI database, it confirmed that both Baluchi and Urial sheep species with the sheep reference sequence for pancreatic ribonuclease gene sequence were assigned to a goat species belonged to the same clade.