ارزیابی تنوع ژنتیکی بین و درون گونه‌ای چاودار با استفاده از نشانگر مولکولی aflp

چاودار یکی از گیاهان زراعی مهم ایران با نام علمی secaleمتعلق به خانواده گندمیان (poaceae) می باشد. در این پژوهش تنوع ژنتیکی 39 جمعیت چاودار از مناطق مختلف ایران، آمریکا و روسیه با نشانگر aflp مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که 13 جفت آغازگر aflp 188 باند تولید کردند که شامل 177 باند چندشکل بود. میانگین میزان اطلاعات چندشکلی (pic) و شاخص نشانگر (mi) در جفت آغازگرهای aflp به ترتیب معادل 0.22 و 3 عدد بود. بیشترین مقدار pic مربوط به جفت آغازگر ecc 3n 4s 1 و بیشترین mi مربوط به جفت آغازگر ecc 3n 4s 5 بود. پس از مشاهده محصول های واکنش زنجیره ای پلیمراز بر روی ژل پلی اکریل آمید و امتیازدهی باندهای dna، تجزیه و تحلیل با نرم افزار ntsys انجام شد. دندروگرام تجزیه خوشه ای با روش upgma و ضریب تشابه دایس جمعیت های چاودار را به پنج گروه تقسیم کرد که گروه بندی آن با گروه بندی تجزیه مولفه های اصلی مطابقت داشت. نتایج تجزیه واریانس مولکولی بیانگر تنوع درون گونه ای بیشتر از تنوع بین گونه ای بود. و میانگین شاخص شانون (i) در گونه های چاودار 0.48 بود که بیانگر تنوع نسبتاً خوب درون گونه ها می باشد. نتایج نشان داد که نشانگر aflp ابزار مفیدی در تعیین تنوع ژنتیکی درون و بین گونه ای چاودار است.

Evaluation of inter-species and in-species genetic variation of rye using AFLP molecular marker

Rye cereal Secale is one of the most important crops in Iran and belongs to the family Poaceae Understanding the Rye genetic diversity is essential for breeding programs of this plant. In this study, AFLP molecular markers were used to determine genetic diversity among 39 populations of Rye (from different regions of Iran, the United States and Russia). Thirteen primers were used, which could create 188 detectable and repeatable bands and 94% of primers showed polymorphism (177 bands) among different populations. The highest PIC was for the ECC 3N 4S 1 starter pair and the highest MI was for the ECC 3N 4S 5 starter pair. To determine the similarity between populations, the Dissse similarity coefficients were used. Maximum similarity (0.971) between the two populations Montanum of Park Jhan nama and Cereal of Fereydoun Shahr, and the minimum similarity (0.386) between Sermont of Arak and Sermont of the United States was observed. The cluster analysis was performed using the UPGMA algorithm based on the similarity matrix. Cluster analysis classified different populations of Rye in five main groups, which relevant to the grouping of principal components analysis. The results of this study showed noticeable genetic diversity among Rye populations of Iran, besides the results of the analysis of molecular variance show that intraspecies diversity is higher than interspecies diversity, the average Shannon (I) index in rye species was 0.48, which indicates a relatively good diversity within species.